SCIN基因影響結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移發(fā)生的相關(guān)信號(hào)通路研究.pdf

1、目的:
　　運(yùn)用基因芯片方法尋找在結(jié)直腸癌細(xì)胞中與肌切蛋白(Scinderin，SCIN)相互作用的差異基因（前期實(shí)驗(yàn)已經(jīng)證實(shí)在結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移組與無轉(zhuǎn)移組中SCIN有顯著差異表達(dá)），進(jìn)一步使用Real time-PCR方法驗(yàn)證明確相互作用的基因，通過生物信息學(xué)分析，找到SCIN可能作用于結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移的信號(hào)通路。
　　方法:
　　1.基于前期實(shí)驗(yàn)結(jié)果，運(yùn)用RNAi技術(shù)構(gòu)建SCIN基因RNA干擾慢病毒載體，感染實(shí)驗(yàn)細(xì)胞D

2、LD1細(xì)胞，并進(jìn)行慢病毒滴度測(cè)定。
　　2.基于Agilen4x44高通量表達(dá)譜芯片技術(shù)分析DLD1細(xì)胞（NC細(xì)胞）與DLD1-RNAi-SCIN細(xì)胞（KD細(xì)胞），尋找差異表達(dá)基因，然后基于Gene Ontology與Pathway分析（KEGG和Biocarta）篩選可能的相互作用的基因（篩選標(biāo)準(zhǔn)倍數(shù)變化絕對(duì)值＜2，P＜0.05），進(jìn)一步通過生物信息學(xué)分析尋找與SCIN相互作用的在增殖侵襲中起到明確作用的通路的相關(guān)基因。

3、　　3.采用real-time PCR驗(yàn)證上述實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)的可能與SCIN相互作用的基因，找到明確與SCIN相互作用的基因，并通過生物信息學(xué)分析，找到他們與結(jié)直腸癌和結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移相關(guān)的通路，以獲得SCIN可能作用于結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移的信號(hào)通路。
　　結(jié)果:
　　1.成功獲得所需的實(shí)驗(yàn)細(xì)胞，運(yùn)用基因芯片方法，共篩選得到差異表達(dá)基因有952條，其中257條基因表達(dá)上調(diào)，695條基因表達(dá)下調(diào)，進(jìn)一步分析與增殖侵襲有明確作用通路的相關(guān)基因

4、16條:CDKN2B、CDKN2C、CDK2、COL4A1、DIAPH1、PRKCA、MCM4、CDK4、STAT3、CCNB1、EGFR、ARHGAP5、RAC1、ITGB1、DHFR、PLCB1。
　　2.運(yùn)用RT-PCR驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)，SCIN可以上調(diào)DIAPH1、CDK2、STAT3、CDK4，EGFR的表達(dá)，下調(diào)CDKN2B，COL4A1表達(dá)。
　　3.進(jìn)行生物信息學(xué)分析以上6條基因及其相關(guān)通路發(fā)現(xiàn)，COL4A1與結(jié)直腸

5、癌的發(fā)生沒有明確相關(guān)性，CDK2、CDK4、CDKN2B、STAT3、DIAPH1通過各自相關(guān)通路與結(jié)直腸癌的發(fā)生和發(fā)展密切相關(guān)，由此可進(jìn)一步證實(shí)SCIN與結(jié)直腸癌的發(fā)生和發(fā)展密切相關(guān)。EGFR所存在的ERBB信號(hào)通路，及其后續(xù)所存在的PI3K-ATK信號(hào)通路與結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移的發(fā)生密切相關(guān)，可以認(rèn)為SCIN通過對(duì)于EGFR的作用在ERBB信號(hào)通路及PI3K-ATK信號(hào)通路上相關(guān)的作用，影響結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移的發(fā)生。
　　結(jié)論: