聯(lián)合多種高通量表達(dá)譜數(shù)據(jù)分析篩選胃癌相關(guān)基因的研究.pdf

1、目的 聯(lián)合利用多種高通量表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫資源篩選分析胃癌與正常胃組織間的差異表達(dá)基因，探討利用數(shù)據(jù)庫篩選胃癌與正常胃組織間的差異表達(dá)基因信息的可行性及具體方法，尋找胃癌發(fā)生發(fā)展相關(guān)基因，為進(jìn)一步研究胃癌的發(fā)生發(fā)展機(jī)制，發(fā)現(xiàn)具有診斷和治療價值的潛在相關(guān)基因，為進(jìn)一步制定基因治療方案提供基礎(chǔ)的依據(jù)。 方法 1.應(yīng)用10個已知的胃癌發(fā)生發(fā)展相關(guān)基因進(jìn)行ESTvNorthern和SAGEVirtualNorthern分析，將分析結(jié)果與已

2、知基因表達(dá)情況相比較，確定VirtualNorthern篩選胃癌相關(guān)基因的可行性。 2.應(yīng)用美國國立生物技術(shù)信息中心(NCBI)中的UniGene數(shù)據(jù)庫中DDD工具篩查胃癌和正常胃組織的差異表達(dá)基因。 3.應(yīng)用腫瘤基因解剖工程(CGAP)數(shù)據(jù)庫中基于EST數(shù)據(jù)的cDNADigitalGeneExpressionDisplayer(cDNADGED)工具篩查胃癌和正常組織差異表達(dá)基因。 4.應(yīng)用腫瘤基因解剖工程(C

3、GAP)數(shù)據(jù)庫中基于SAGE數(shù)據(jù)的SAGEDigitalGeneExpressionDisplayer(SAGEDGED)工具篩查胃癌和正常胃組織差異表達(dá)基因。 5.將DDD、cDNADGED和SAGEDGED篩選出的基因進(jìn)行VirtualNorthern分析，選擇在EST和SAGE數(shù)據(jù)庫中胃癌和正常胃組織中表達(dá)差異全部具有有統(tǒng)計學(xué)意義(p＜0.05)的基因。 6.將VirtualNorthern篩選出的差異基因與SMD

4、數(shù)據(jù)庫中胃癌微陣列表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行對比分析，選取共同的差異基因作為進(jìn)一步研究的候選基因。 7.選取5個候選胃癌差異基因用RT-PCR方法進(jìn)一步在38例胃癌及正常胃組織標(biāo)本中進(jìn)行驗證。采用免疫組織化學(xué)方法進(jìn)一步研究ANXA1在38例正常胃粘膜、22例胃癌前病變、38例胃癌組織中的表達(dá)差異情況。 結(jié)果 1.10個已知胃癌相關(guān)基因中，vNorthern分析能確認(rèn)其中9個基因，表明vNorthern數(shù)據(jù)分析能篩選出胃癌相關(guān)基因，

5、且與基因的在組織中表達(dá)具有較高的一致性。 2.DDD工具篩選出差異表達(dá)基因165個，其中胃癌組織高表達(dá)的差異基因27個，低表達(dá)的基因138個。 3.cDNADGED工具篩選出差異表達(dá)基因286個，其中胃癌組織表達(dá)高表達(dá)的基因93個，低表達(dá)的基因193個。 4.SAGEDGED工具篩選出差異表達(dá)基因181個，其中胃癌組織高表達(dá)的基因73個，低表達(dá)的基因108個。 5.EST和SAGEvirtualNorth

6、ern分析，共篩選出45個候選差異基因。 6.45個候選差異基因與SMD數(shù)據(jù)庫中胃癌微陣列表達(dá)譜數(shù)據(jù)對比分析，共確定12個差異基因(CD44、TUBB、ANXA1、EN01、AGR2、PGC、ANXA10、RNASE1、PSCA、TFF1、MSMB、ID1)。 7.12個差異基因中選取5個基因(ANXA1、AGR2、ANXA10、PSCA、MSMB)在38例胃癌及相應(yīng)正常組織中進(jìn)行RT-PCR驗證，4個基因(ANXA1、

7、ANXA10、PSCA、MSMB)表達(dá)高低與數(shù)據(jù)庫篩選結(jié)果一致。免疫組化分析ANXA1在正常胃粘膜、癌前病變及胃癌中表達(dá)呈逐漸升高的趨勢，陽性率分別為10.53％(4/38)、40.91％(9/22)、73.68％(28/38)(p＜0.05)，ANXA1在彌漫型胃癌中表達(dá)高于腸型胃癌(p＜0.05)。 結(jié)論 聯(lián)合多種高通量表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫的方法能快速有效地篩選出重要的胃癌相關(guān)基因；ANXA1在正常胃粘膜、癌前病變及胃癌中表達(dá)呈逐