不同源腸炎沙門菌耐藥表型與耐藥基因型分析.pdf

1、腸炎沙門菌是一種重要的人獸共患病原菌。人類感染腸炎沙門菌引起的沙門菌病主要臨床表現(xiàn)為腹瀉，常伴有惡寒、發(fā)熱，病禽臨床表現(xiàn)為腹瀉、精神沉郁、食欲減退或廢絕。目前，許多發(fā)達國家對腸炎沙門菌感染已經(jīng)取得了有效的防控，人類的發(fā)病率保持在相對穩(wěn)定的狀態(tài)，然而在我國部分地區(qū)報道中腸炎沙門菌仍為優(yōu)勢血清型之一。上世紀八十年代開始，臨床分離株中就發(fā)現(xiàn)了對氨芐西林、氯霉素、磺胺甲惡唑/甲氧芐啶（復(fù)方新諾明）耐藥的腸炎沙門菌，近年來隨著分離株多重耐藥現(xiàn)象愈

2、發(fā)嚴重，耐藥譜不斷擴寬，通過原有抗菌藥物防治的策略已經(jīng)不能完全解決問題。此外，近年來發(fā)現(xiàn)的耐藥新基因和機制為腸炎沙門菌的防控帶來了巨大挑戰(zhàn)。
　　為了解我國部分地區(qū)腸炎沙門菌分離株耐藥性的流行情況和耐藥基因的分布，本研究以361株不同源腸炎沙門菌為研究對象，根據(jù)CLSI推薦的微量肉湯稀釋法進行藥敏試驗，定量檢測菌株對18種抗菌藥物的最小抑菌濃度，分析不同來源腸炎沙門菌的耐藥特性和多重耐藥情況;調(diào)查質(zhì)粒介導(dǎo)的喹諾酮類藥物耐藥基因(P

3、MQR)和多粘菌素耐藥基因mcr-1在腸炎沙門菌中的流行和分布情況;通過對63株腸炎沙門菌的全基因組重測序信息進行分析，獲得了主要耐藥基因，分析其與耐藥表型之間的關(guān)系。
　　1不同源腸炎沙門菌耐藥表型與耐藥基因型分析
　　本研究測定了我國部分地區(qū)2009-2016年間361株腸炎沙門菌對18種抗菌藥物的最小抑菌濃度(MIC)，結(jié)果顯示腸炎沙門菌分離株對第一代喹諾酮類藥物萘啶酸的耐藥率最高，為83.4％（MIC50=512μg

4、/mL）;其次為阿莫西林/克拉維酸(60.1％)和氨芐西林(60.1％)，對四環(huán)素和鏈霉素的耐藥率也較高，均在28％以上;頭孢唑啉、呋喃妥因和喹乙醇對腸炎沙門菌已經(jīng)處于耐藥中介值，耐藥率分別為22.4％、32.9％和21.8％;對美羅培南、卡那霉素、慶大霉素、環(huán)丙沙星、恩諾沙星、氯霉素和多粘菌素E的敏感性較高，耐藥率在5％-0.5％左右;而阿米卡星的體外抑菌效果最好，無耐藥菌株出現(xiàn)。
　　不同源的腸炎沙門菌對氨芐西林、阿莫西林/克

5、拉維酸、萘啶酸的耐藥情況相似，均處在較高水平，對其余15種抗菌藥物，耐藥率存在一定的差異。禽源菌株對四環(huán)素、鏈霉素的耐藥率較高，分別為26.0％和40.7％;人源菌株對頭孢唑啉、氨曲南、卡那霉素、慶大霉素、磺胺甲惡唑/甲氧芐啶（復(fù)方新諾明）、氯霉素和喹乙醇7種抗菌藥物耐藥率較高。對不同采集環(huán)節(jié)的禽源菌株耐藥性的比較顯示，養(yǎng)殖環(huán)節(jié)的菌株耐藥情況較嚴重，且耐藥譜寬泛，對除阿米卡星外的17種抗菌藥物均有不同程度的耐藥，孵化環(huán)節(jié)和市場環(huán)節(jié)的耐藥

6、情況相對較低，其中孵化環(huán)節(jié)菌株耐藥表型主要集中在耐氨芐西林、阿莫西林/克拉維酸、萘啶酸和鏈霉素，耐藥率在37.3％-100％之間。
　　禽源、人源和豬源腸炎沙門分離株的多重耐藥率存在一定差異。361株腸炎沙門菌中92.3％的菌株對至少一種抗菌藥物表現(xiàn)耐藥，58.4％的菌株對至少三種抗菌藥物耐藥。耐三種和四種藥物的菌株比重較大，分別占總菌株數(shù)的16.1％和24.4％，主要耐藥譜為AMP-AMC-STR-NAL和AMP-AMC-STR

7、-NAL-CFZ。不同源腸炎沙門菌的多重耐藥現(xiàn)象也存在一定的差異，市場環(huán)節(jié)分離的菌株多重耐藥率最高，達69.2％，其次為養(yǎng)殖環(huán)節(jié)，多重耐藥率為60.2％，此結(jié)果從一定程度上反應(yīng)了腸炎沙門菌的耐藥性與菌株來源和采集環(huán)節(jié)有關(guān)。
　　通過PCR方法對361株腸炎沙門菌PMQR耐藥基因(oqxA、oqxB、qnrA、qnrB、qnrC、qnrD、qnrS、qepA和aac(6')-Ⅰb-cr）和多粘菌素耐藥基因mcr-1進行檢測，結(jié)果顯示

8、:PMQR耐藥基因攜帶率為6.9％，其中以aac(6')-Ⅰb-cr基因檢出率最高，為1.9％。未檢測到qnrB、qnrC、qnrD和mcr-1基因。
　　2全基因組測序技術(shù)在腸炎沙門菌耐藥基因檢測中的應(yīng)用
　　選取不同來源的63株腸炎沙門菌，提取基因組進行全基因組重測序，通過與CARD數(shù)據(jù)庫進行比對獲得耐藥相關(guān)基因。63株全基因組測序的菌株均攜帶13種多重耐藥基因（包括外排泵:mdtK、emrA、marA、H-NS、acr

9、R、mdsB、robA、sdiA、ileS多重耐藥外排蛋白:acrB-TolC、mdtG、emrD;1種移位酶:mdfA）。預(yù)測到與18種測定抗菌藥物相關(guān)的耐藥基因包括:氨基糖苷類藥物耐藥基因:aph(3")-Ib、alaS、cysB、aph(6)-Ⅰd、aac(3)-Ⅱc、aadA11;β-內(nèi)酰胺類藥物耐藥基因:blaCTX-M-55、blaTEM-145、 blaTEM-94、 blaCTX-M-3、blaOXA-1、blaTEM-

10、190、blaTEM-1;磺胺類藥物耐藥基因:sul1、dfrA25、dfrA1、sul2、dfrA17;四環(huán)素類耐藥基因tetA、tetC;氯霉素耐藥基因catB3。其中氯霉素耐藥基因catB3，磺胺類耐藥基因dfrA1、dfrA17耐藥表型與耐藥基因型對應(yīng)很好，符合率均達到100％。
　　63株腸炎沙門菌中，與氨基糖苷類藥物相關(guān)的耐藥基因共6種，14株同時攜帶所檢測到的6種耐藥基因，其與耐藥表型的對應(yīng)率在33.3％-85.0％

11、之間，36.5％的菌株對鏈霉素耐藥，aph(3'')-Ib、alaS、cysB的陽性檢出率在73.0％左右;β-內(nèi)酰胺類藥物耐藥基因blaTEM-145、blaTEM-94、blaCTX-M-3、blaOXA-1、blaTEM-190與氨芐西林、阿莫西林/克拉維酸和頭孢唑啉的對應(yīng)率達到100％，檢測菌株對氨芐西林、阿莫西林/克拉維酸和頭孢唑啉的耐藥率分別為57.1％、50.8％和34.9％，幾種耐藥基因以blaTEM-1檢出率最高，三種

12、抗菌藥物對應(yīng)blaTEM-1基因檢出率在63.9％-81.8％左右;四環(huán)素tetA基因與耐藥表型的對應(yīng)率為85.7％，63株檢測菌株中，18株對四環(huán)素耐藥，6株未檢測到tetA基因，檢出率為66.7％;63株檢測菌株中，21株攜帶sul2基因，其中19株對磺胺甲惡唑/甲氧芐啶（復(fù)方新諾明）敏感，sul1與復(fù)方新諾的對應(yīng)率為50％，dfrA1和dfrA17與復(fù)方新諾明的對應(yīng)率最好，達到100％，反過來看，11株檢測菌株對復(fù)方新諾明耐藥，其