寡核苷酸芯片在食管癌相關(guān)基因篩選中的應(yīng)用研究.pdf

1、目的:該項(xiàng)研究擬采用寡核苷酸芯片技術(shù)篩選食管癌相關(guān)基因并探索它們之間的調(diào)控關(guān)系.材料與方法:1、病史資料:1例組織標(biāo)本由浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院提供.患者,男性,58歲,住院號(hào):361149.病理診斷:食管中分化鱗癌.TNM分類:T<,4>N<,1>M<,0>.2、實(shí)驗(yàn)方法:分別提取食管癌、癌旁組織、正常食管組織總RNA,以總RNA進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄,并分別用Cy3-duTP進(jìn)行標(biāo)記.根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)導(dǎo)的腫瘤相關(guān)基因共篩選288個(gè),從Geneban

2、k中查出相應(yīng)基因序列,利用探針設(shè)計(jì)軟件進(jìn)行探針設(shè)計(jì),探針長(zhǎng)度為40bp.隨后將寡核苷酸探針點(diǎn)樣到經(jīng)醛基化處理的載玻片上,制成12×24矩陣.將上述制備的雜交熒光探針與芯片進(jìn)行雜交,雜交溫度為40℃,雜交時(shí)間為3小時(shí).用ScanArray3000激光掃描儀掃描芯片.所得圖象再用ImaGene4.0分析軟件進(jìn)行分析,比較熒光信號(hào)強(qiáng)度和比值.相應(yīng)癌組織、癌旁組織、正常組織信號(hào)的熒光強(qiáng)度必須有一個(gè)大于1000,并且兩者間相差兩倍以上才能判斷為差

3、異表達(dá)的基因.熒光強(qiáng)度比大于2為表達(dá)增高,小于0.5為表達(dá)降低.結(jié)論:1、基因芯片技術(shù)能快速高通量篩選與食管癌發(fā)生可能相關(guān)的基因.2、表達(dá)上調(diào)的基因如:BCL-1、BTK、JNK3A2、CST3、JAW1、Human MHC Class I HLA-A Cell Surface Antigen、TIMA1、JNK3A1、IGF1、K-ras、Human mRNA for hematopoetic proteoglycan core pr

4、otein、CD44、int-2、RIZ、MRP3、C-fos、MCAD、Homo Sapiens mRNA for leptin receptor gene-related protein可能在食管癌的發(fā)生和發(fā)展過(guò)程中有促進(jìn)作用.3、表達(dá)下調(diào)的基因如:ST13、KIAA0161、SOCS-1、D123、PROS-27、IRS1、DRR1、ACTR1A、muc5ac、DP-79、APEX、SMAD3、Human colorectal m