水稻GAGA Element的預(yù)測(cè)與分析.pdf

1、在植物和動(dòng)物基因組中，轉(zhuǎn)錄因子通過(guò)識(shí)別特殊的序列，并通過(guò)與這些序列結(jié)合起到調(diào)控基因表達(dá)的作用?！癎AGA Factor”是一類能識(shí)別、結(jié)合(GA)n二核苷酸重復(fù)序列，繼而改變?nèi)旧|(zhì)結(jié)構(gòu)并起到調(diào)控下游基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子蛋白，我們將這類特殊(GA)n二核苷酸重復(fù)序列稱為“GAGA Element”。目前，在植物基因組研究中，僅有為數(shù)不多的有關(guān) GAGA Factor蛋白功能的報(bào)道。隨著水稻全基因組測(cè)序計(jì)劃的完成，使得我們可以通過(guò)基因組掃查和

2、比較基因組學(xué)分析，開展植物GAGA Element的研究，揭示植物特殊功能基因進(jìn)化的規(guī)律。全文主要結(jié)果如下：
　　1、通過(guò)對(duì)已有GAGA Element分布特征的分析研究，發(fā)現(xiàn)“(A)GAGA(G)/(T)CTCT(C)”序列廣泛出現(xiàn)在基因上游調(diào)控序列及基因內(nèi)部序列，并且呈一定規(guī)律性進(jìn)行組合，這為預(yù)測(cè)GAGA Element提供了理論依據(jù)。在此基礎(chǔ)上，對(duì)全基因組水平的水稻GAGA Element進(jìn)行了全面預(yù)測(cè)，結(jié)果表明水稻基因組中

3、GAGA Element比果蠅的更加純凈，這預(yù)示了高等植物更加依賴于染色質(zhì)水平上的基因調(diào)控機(jī)制來(lái)調(diào)節(jié)環(huán)境適應(yīng)性。
　　2、通過(guò) Gene Ontology功能注釋，在全基因組水平確定了表達(dá)水平受 GAGA Element調(diào)控的潛在水稻功能基因。進(jìn)一步的功能分析表明，這些潛在的GAGA Element調(diào)控基因在功能分類上具有一定的保守性。這種功能上的保守性提示我們，此類GAGA Element調(diào)控基因在特定生物學(xué)過(guò)程中可能存在協(xié)同性

4、作用。
　　3、通過(guò)比較水稻基因組中GAGA Element分布水平在水稻12條不同染色體上的分布與相關(guān)基因 EST表達(dá)水平的關(guān)聯(lián)性關(guān)系分析，我們發(fā)現(xiàn)特定染色體區(qū)域的EST表達(dá)水平越高，GAGA Element在該區(qū)域出現(xiàn)的概率越低，表現(xiàn)了顯著的負(fù)相關(guān)性。這種GAGA Element分布概率與特定基因表達(dá)水平間的負(fù)相關(guān)性進(jìn)一步表明，GAGA Element在水稻基因組中的染色體上的非隨機(jī)分布直接與特定基因表達(dá)水平的調(diào)控存在一種直接