水稻細(xì)胞壁基因表達調(diào)控網(wǎng)絡(luò)以及4CL基因演化模式解析.pdf

1、分類號華中農(nóng)業(yè)大學(xué)博士學(xué)位論文密級水稻細(xì)胞壁基因表達調(diào)控網(wǎng)絡(luò)以及4CL基因演化模式解析Globleprofilingofgeneexpressionpatternsinvolvedinricecellwallnetworkformatonsandanalysisof4CLgeneevolution博士研究生：郭凱學(xué)號：2010304010044指導(dǎo)教師：彭良才教授指導(dǎo)小組：彭良才教授StaffanPersson教授謝國生教授王令強副教授

2、鄒維華博士專業(yè)：生物化學(xué)與分子生物學(xué)研究方向：基因組學(xué)獲得學(xué)位名稱：理學(xué)博士獲得學(xué)位時間：2015年12月華中農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院o一五年十二月水稻細(xì)胞壁基因表達調(diào)控網(wǎng)絡(luò)以及4EL基因演化模式解析目錄摘要i縮略詞表。ivAbbreviationsivl文獻綜述l11植物細(xì)胞壁l111植物細(xì)胞壁的結(jié)構(gòu)1112植物細(xì)胞壁的組成3113植物細(xì)胞壁的精細(xì)結(jié)構(gòu)模型712植物細(xì)胞壁合成基因””～8121纖維素合成。8123半纖維素合成1212

3、4木質(zhì)素合成14125其他相關(guān)基因17126細(xì)胞壁合成基因的表達調(diào)控191261NAC轉(zhuǎn)錄因子191262NAC調(diào)控的下游基因231263MYB轉(zhuǎn)錄因子2413水稻細(xì)胞壁及其合成基因的研究進展26l。4基因芯片和二代測序技術(shù)。28141基因芯片的用途28142表達譜芯片的分析軟件29143表達譜芯片分析方法30144第二代測序技術(shù)31l。45RNAseq數(shù)據(jù)的分析方法3315基因共表達調(diào)控網(wǎng)絡(luò)33151共表達分析平臺34152基因共表達

4、調(diào)控網(wǎng)絡(luò)34153共表達調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方法35l。5。4基因表達調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的功能注釋3616系統(tǒng)生物學(xué)3717水稻轉(zhuǎn)錄組公共數(shù)據(jù)庫37184CL基因的結(jié)構(gòu)以及功能解析3819分子演化學(xué)理論與方法42191自然選擇和中性演化理論42192中性檢驗與替換模型44193最大似然法與CODEML45194局部最優(yōu)分支模型查找優(yōu)化分支模型一47195計算分子進化用到的相關(guān)軟件48l。10研究的目的和意義”49第一章水稻CESA／CSL基因家族系統(tǒng)分析