多種微生物功能基因的預測和分析.pdf

1、微生物功能基因組學的功能分析無論對于微生物自身還是對于闡明高等生物的基因功能和進化特征都很重要。本課題通過對多種微生物的功能基因進行預測和分析,為微生物功能基因的預測和分析工作提供了新的思路和參考。本研究包括以下四個工作:
　　(1)酵母基因組具有生物學意義的開放閱讀框(ORFs)的數(shù)目一直懸而未決。運用支持向量機LibSVM結合六個生物特征量建立黃金模型對釀酒酵母基因組蛋白質編碼基因進行預測。該法的準確性通過十重交叉驗證(>99

2、.5％)以及歷史回顧對照得到了檢驗。該工作提供了相應的網絡服務并為其它物種功能基因的預測提供了可靠的方法。
　　(2)有研究發(fā)現(xiàn)基因的保守性與基因的功能性密不可分。本工作通過運用COG功能分類對DEG數(shù)據(jù)庫中二十種原核生物的必需基因和高表達基因的功能分布進行分析,揭示了基因的功能性與其進化保守性之間的關聯(lián)。
　　(3)基因的水平轉移是促進物種多樣性的重要進化因素。本工作通過對DEG數(shù)據(jù)庫中二十種有水平轉移基因數(shù)據(jù)的原核物種的

3、必需性、表達水平與水平轉移的重疊度和相關性進行分析,從基因水平轉移(HGT)的角度揭示了必需基因和高表達基因的進化特異性。
　　(4)具有重要COG功能的保守基因和水平轉移基因都具有復制鏈定位偏性,我們從該角度對微生物必需基因和高表達基因的進化保守性比較作了補充研究,發(fā)現(xiàn)從不同角度進行研究得出的結論也不同。另外對CAI使用局限性的討論顯示單純用CAI來表示表達水平并不可靠。
　　通過對釀酒酵母基因組的重注釋工作,我們提供了一