EWS-FLI1融合蛋白在尤文肉瘤細(xì)胞的表達(dá)分布及其融合區(qū)抗原表位的預(yù)測(cè).pdf

1、目的: 明確EWS-FLI1融合蛋白在EWS細(xì)胞中的分布情況；預(yù)測(cè)EWS-FLI1蛋白融合區(qū)的T細(xì)胞表位、B細(xì)胞表位，為下一步實(shí)驗(yàn)提供實(shí)驗(yàn)依據(jù)。 方法: 將尤文肉瘤細(xì)胞株A673進(jìn)行傳代培養(yǎng)，制作細(xì)胞爬片，用FLI1特異性單克隆抗體進(jìn)行免疫細(xì)胞化學(xué)染色，分析融合蛋白EWS-FLI1在細(xì)胞的表達(dá)分布，并對(duì)其表達(dá)分布情況進(jìn)行統(tǒng)計(jì)。 采用生物信息學(xué)方法，應(yīng)用BIMAS、SYFPEITHI、Predep、Immu

2、ne Epitope Database and Analysis Resource(IEDB)等預(yù)測(cè)軟件，預(yù)測(cè)EWS-FLI1融合區(qū)最有可能的HLA-A*0201限制性細(xì)胞毒性T細(xì)胞(cytotoxic T-cell epitopes，CTL)表位。 采用SOPM/SOPMA、Chou-Fasman、Karplus-Schulz、Parker、Emini和Kolaskar-Tongaonkar預(yù)測(cè)法分析EWS-FLI1融合區(qū)的二

3、級(jí)結(jié)構(gòu)、氨基酸的親水性、表面可及性、抗原指數(shù)，綜合各項(xiàng)分析，預(yù)測(cè)EWS-FLI1融合區(qū)可能的B細(xì)胞表位。 結(jié)果: 免疫細(xì)胞化學(xué)染色實(shí)驗(yàn)顯示，EWS-FLI1融合蛋白陽(yáng)性染色位于細(xì)胞核的EWS細(xì)胞在所有EWS細(xì)胞的平均構(gòu)成比為84.78％，位于細(xì)胞漿者為11.71％，位于細(xì)胞膜者為3.51％。 結(jié)合4種T細(xì)胞表位預(yù)測(cè)軟件，預(yù)測(cè)出最有可能的：EWS-FLI1融合區(qū)HLA-A*0201限制性CTL表位共計(jì)9個(gè)。