胃腸間質(zhì)瘤差異表達(dá)miRNA的篩選研究.pdf

1、灌大碩士學(xué)位論文(臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)學(xué)位)胃腸間質(zhì)瘤差異表達(dá)miRNA的篩選研究SereeningofdifferentiallyexPressedmicroRNAsinGastrointestinalStromaltumor中山醫(yī)院外科學(xué)(普外科)系業(yè)名:王翠眾院專姓導(dǎo)師組成員:沈坤堂侯英勇副教授昌弓教授胃腸道間質(zhì)瘤差異表達(dá)miRNA的篩選研究中文摘要中文摘要背景與目的:微小RNA(micrNAs，miRNAs)是一類長(zhǎng)約22nt的內(nèi)源性非

2、編碼RNA，在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控靶基因n識(shí)兇A。越來(lái)越多的研究證實(shí)m1RNA在腫瘤的發(fā)生、侵襲、轉(zhuǎn)移、耐藥等過(guò)程中起著重要的作用。但是關(guān)于GIST中miRNA的研究還比較少，本課題為了探討而RNA在GIST發(fā)展和耐藥過(guò)程中的作用，采用基因芯片檢測(cè)了耐藥組、惡性組和交界組GIST中miRNA的表達(dá)情況，篩選出不同組別間差異表達(dá)的miRNA，并利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(real一t而ePCR)技術(shù)在30個(gè)擴(kuò)大樣本中來(lái)驗(yàn)證芯片結(jié)果的準(zhǔn)確性，再通過(guò)生

3、物信息學(xué)預(yù)測(cè)和分析靶基因，總結(jié)出m1RNA與GIST的內(nèi)在聯(lián)系。方法:收集了10例胃腸間質(zhì)瘤標(biāo)本，根據(jù)病史及術(shù)后的病理診斷分為三組，耐藥組4例，惡性組3例，交界組3例。抽提總RNA后，利用Agilent人而cr0RNA寡核普酸基因芯片V3(955個(gè)已知的m1RNA)進(jìn)行檢測(cè)，建立GIST的而RNA基因表達(dá)譜，篩選出不同組別差異表達(dá)的miRNA。選取耐藥組與惡性組之間3個(gè)、惡性組與交界組之間4個(gè)差異表達(dá)最明顯的而RNA，利用實(shí)時(shí)熒光定量P

4、CR(real一t加ePCR)技術(shù)，在30個(gè)擴(kuò)大樣本中進(jìn)行驗(yàn)證，證實(shí)了其中3個(gè)差異表達(dá)的而RNA。利用PicTar、幾rgetscan、miRa等生物數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)這些而RNA的靶基因，從這些靶基因中找出可能與腫瘤相關(guān)的基因。運(yùn)用K衛(wèi)GG數(shù)據(jù)庫(kù)分析靶基因在信號(hào)通路中的作用，總結(jié)出與GIST發(fā)生、發(fā)展和耐藥相關(guān)的而RNA及其調(diào)控機(jī)制。結(jié)果:1.基因芯片的結(jié)果:耐藥組與惡性組相比，相差倍數(shù)2倍以上，且p值小于0.05的差異表達(dá)而RNA有13個(gè)，

5、上調(diào)的有5個(gè)，分別為hsa一而R一15a、hsa一而R一16、hsa一而R一195、hsa一miR一335、hsa一miR一151一sp下調(diào)的有8個(gè)，分別為hsa一而R一1280、hsa一而R一140一SP、hsa一miR一32Oa、hsa~miR一135b、hsa一miR一664、hsa一miR一483一SP、hsa一而R一140一3p、hsa一而R一574一3p。其中差異最明顯，即P值最小的有3個(gè)，分別為hsa一miR一1sa、hs

6、a一而R一2250、hsa一而R一32oa，前者在耐藥組中上調(diào)，后兩者下調(diào)惡性組與交界組相比較，p值小于0.05且相差倍數(shù)2倍以上的差異表達(dá)miRNA有14個(gè)，上調(diào)的有5個(gè)，分別為hsa一而R一720、hsa一miR一221、hsa一miR一13Ob、hsa一而R一1ob、hsa一miR一13sb下調(diào)有9個(gè)，分別為hsa一miR一326、hsa一而R一24一1、hsa一而R一145、hsam1R一488、hsa一而R一218、hsa一m