三維格點(diǎn)Monte Carlo算法在高性能計(jì)算機(jī)上的并行實(shí)現(xiàn)及性能分析.pdf

1、該文的工作是三維格點(diǎn)Monte Carlo(以下簡(jiǎn)記為3D MC)算法在高分子領(lǐng)域中的應(yīng)用的一個(gè)具體實(shí)例的并行,實(shí)現(xiàn)的平臺(tái)是上海大學(xué)"自強(qiáng)2000"高性能計(jì)算機(jī).在確定并行實(shí)現(xiàn)的具體算法之前,首先通過(guò)大量的基礎(chǔ)工作研究了進(jìn)行打包發(fā)送時(shí)MPI中的三種數(shù)據(jù)打包發(fā)送方式及其性能分析,做了基于MPICH上的常用函數(shù)通信開銷的測(cè)試以及基于MPI的幾種常用算法的并行編程的研究.這些基礎(chǔ)工作為我們著手進(jìn)行3D MC算法的并行以及并行算法的選擇起到了一

2、個(gè)指導(dǎo)性的作用.該文很多的創(chuàng)新思想都體現(xiàn)在對(duì)3D MC算法的并行實(shí)現(xiàn)上.其中,該文首先根據(jù)3D Monte Carlo算法的特點(diǎn),分析了總體并行思路的可行性.然后分步驟逐步實(shí)現(xiàn)了總體上的分塊并行、針對(duì)邊界問(wèn)題進(jìn)行的OVERLAP并行實(shí)現(xiàn)以及對(duì)于特殊點(diǎn)的單點(diǎn)發(fā)送和接收實(shí)現(xiàn).這三個(gè)步驟是一個(gè)由淺入深,由一般到個(gè)別的并行實(shí)現(xiàn)過(guò)程.通過(guò)結(jié)合實(shí)際問(wèn)題的物理意義以及從算法實(shí)現(xiàn)方面的考慮,我們一步一步用合理的算法實(shí)現(xiàn)了該3D Monte Carlo算