西門塔爾牛肉質(zhì)性狀低密度芯片的基因組選擇.pdf

1、全基因組關(guān)聯(lián)分析和基因組選擇是近年來畜禽育種的研究熱點(diǎn)。本研究利用BovineHD芯片，對(duì)西門塔爾牛的部分胴體性狀和肉質(zhì)性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析，初步探索低密度芯片對(duì)脂肪酸含量性狀的基因組預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性。
　　1.使用混合壓縮線性模型(CMLM)和線性模型(LM)對(duì)霖肉、后腱子和骨重三個(gè)胴體性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析，共檢驗(yàn)出186個(gè)顯著關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)(P＜10-5)，其中有55個(gè)位點(diǎn)在兩種模型中均顯著，多數(shù)標(biāo)記落于6號(hào)和14號(hào)染色體的LA

2、P3、LCORL、FAM184B、PLAG1等基因上，顯著SNP重疊于相關(guān)胴體重和骨重的數(shù)量性狀基因座位(QTL)。
　　2.使用CMLM和LM對(duì)大理石花紋、脂肪顏色、總脂肪酸含量(TFA)、飽和脂肪酸含量(SFA)、單不飽和脂肪酸含量(MUFA)和多不飽和脂肪酸含量(PUFA)六個(gè)肉質(zhì)性狀的分析，檢測(cè)出91個(gè)顯著位點(diǎn)(P＜10-5)，其中44個(gè)位點(diǎn)在兩模型中均顯著，與三個(gè)脂肪酸含量性狀均顯著相關(guān)的標(biāo)記落在14號(hào)染色體的MYC基因

3、附近，多數(shù)顯著位點(diǎn)落在相關(guān)于大理石花紋、第十二肋的背膘厚和脂肪酸含量的QTL上。
　　3.本研究構(gòu)建不同標(biāo)記數(shù)目的低密度芯片，包括均勻分布低密度芯片，基于BayesA、BayesB估計(jì)標(biāo)記效應(yīng)的絕對(duì)值及顯著性的篩選標(biāo)記低密度芯片，使用低密度芯片對(duì)四個(gè)脂肪酸含量性狀進(jìn)行基因組預(yù)測(cè)，通過五倍交叉驗(yàn)證衡量準(zhǔn)確性。均勻分布低密度芯片整合BovineHD和已有低密度芯片位點(diǎn)，其標(biāo)記數(shù)目分別為3K,7K,9K，20K和40K，準(zhǔn)確性在9K時(shí)較

4、高，低于篩選標(biāo)記低密度芯片，與其他模擬數(shù)據(jù)中低密度芯片基因組預(yù)測(cè)的結(jié)果一致。依據(jù)標(biāo)記效應(yīng)及顯著性的篩選標(biāo)記低密度芯片，其標(biāo)記數(shù)目分別為0.3 K，0.5 K，0.7 K，1 K,3 K,5 K，7K,9K，11 K,13 K,15 K和30K，在標(biāo)記數(shù)目達(dá)到7K時(shí)準(zhǔn)確性基本穩(wěn)定，基于Bayes B估計(jì)標(biāo)記效應(yīng)篩選標(biāo)記準(zhǔn)確性最高，基于Bayes A估計(jì)標(biāo)記效應(yīng)篩選標(biāo)記準(zhǔn)確性略高于基于標(biāo)記顯著性篩選標(biāo)記。交叉驗(yàn)證的對(duì)比試驗(yàn)中，基于同態(tài)一致性