利用單體型進(jìn)行中國(guó)西門塔爾牛全基因組選擇的初步研究.pdf

1、全基因組選擇就是利用覆蓋全基因組范圍內(nèi)的標(biāo)記進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇，結(jié)合表型和該個(gè)體的遺傳標(biāo)記信息進(jìn)行基因組育種值估計(jì)，它能夠進(jìn)行個(gè)體早期選擇，縮短世代間隔，降低育種成本。因此，全基因組選擇已經(jīng)成為世界各國(guó)育種工作者的研究熱點(diǎn)。利用SNP標(biāo)記進(jìn)行基因組選擇的前提是假設(shè)SNP與QTL之間存在連鎖不平衡，而SNP間相互獨(dú)立，逐一估計(jì)每個(gè)SNP的效應(yīng)值再進(jìn)行累加即可得到基因組育種值。但實(shí)際上，SNP之間也存在著廣泛的連鎖不平衡。因此，本研究將單體型

2、引入到全基因組選擇中。
　　本研究中選取1141頭來自內(nèi)蒙古烏拉蓋管理區(qū)的中國(guó)西門塔爾牛，均使用Illumina BovineHD芯片進(jìn)行基因分型。利用質(zhì)量控制后的501951個(gè)SNPs位點(diǎn)，根據(jù)不同的連鎖不平衡閾值D’≥0.45，D’≥0.55，D’≥0.65，D’≥0.75構(gòu)建肉牛基因組單體型塊，探索適合中國(guó)西門塔爾牛群體的連鎖不平衡閾值。通過單體型塊結(jié)構(gòu)構(gòu)建單體型信息矩陣，利用GBLUP，BayesA和BayesCπ三種方法

3、分別估計(jì)宰前活重、胴體重、屠宰率和凈肉率的基因組育種值，比較基于單體型與基于單位點(diǎn)的育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性。結(jié)果顯示，宰前活重、胴體重和屠宰率三個(gè)性狀的結(jié)果呈一定規(guī)律性，對(duì)于GBLUP，BayesA和BayesCπ三種模型，均為當(dāng)連鎖不平衡閾值為D’≥0.55時(shí)，育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性最高。而對(duì)于凈肉率性狀來說，GBLUP方法利用SNP估計(jì)育種值準(zhǔn)確性性最高；BayesA方法在閾值為 D’≥0.55時(shí)，育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性最高；而BayesCπ方