木通紅喀木虱線粒體基因組測(cè)定與分析.pdf

1、本文以木通紅喀木虱Cacopsylla coccinea為研究對(duì)象，進(jìn)行了線粒體基因組的測(cè)定與特征分析，并構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，旨在了解木通紅喀木虱在同翅目中系統(tǒng)進(jìn)化地位。主要研究結(jié)果如下：
　　本研究成功測(cè)定了木通紅喀木虱全線粒體基因組，其全長(zhǎng)為14,832 bp。
　　1）包括13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因、22個(gè)轉(zhuǎn)運(yùn)RNA基因、2個(gè)核糖體RNA基因和一個(gè)AT富含區(qū)；
　　2）存在16個(gè)基因間隔區(qū)(其間隔范圍1-51 bp，全長(zhǎng)

2、共235 bp)和基因重疊區(qū)10個(gè)(重疊范圍在1-41bp之間，全長(zhǎng)共83 bp）；
　　3）該昆蟲(chóng)線粒體全基因組、rRNA和PCGs的AT含量分別為72.04％、77.06%和70.05%，其中蛋白質(zhì)編碼基因中密碼子第3位點(diǎn)的AT含量高于其它2位位點(diǎn)，L鏈密碼子第2位位點(diǎn)的AT含量最高，值為79.65%；
　　4)蛋白質(zhì)編碼基因的AT-偏斜和GC-偏斜皆為負(fù)值；
　　5）蛋白質(zhì)編碼基因均以典型的ATN為起始密碼子；大

3、多數(shù)的終止密碼子為完整的TAG和TAA，也存在不完整的T；
　　6）該昆蟲(chóng)線粒體基因組中氨基酸主要由6種疏水性的苯丙氨酸、甲硫氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、絲氨酸和纈氨酸組成；
　　7）tRNA最長(zhǎng)的有72 bp，而最短的僅有54 bp，除trnS1外其余具有典型的三葉草二級(jí)結(jié)構(gòu)，同時(shí)tRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)中存在缺失T-臂或D-臂，還存在接受堿基錯(cuò)配；
　　以木通紅喀木虱、枸杞木虱和脈斑銀木虱三種昆蟲(chóng)為材料，采用比較基因組學(xué)和生物

4、信息學(xué)為手段，分析木虱科線粒體基因組的分子組成特征。
　　結(jié)果表明：
　　1）三種昆蟲(chóng)基因組大小相似；
　　2）與其它兩種昆蟲(chóng)相比，木通紅喀木虱線粒體trnV基因發(fā)生重排；
　　3）脈斑銀木虱間隔區(qū)最長(zhǎng)，而枸杞木虱重疊區(qū)為最大；
　　4）三種昆蟲(chóng)AT含量基本相似，均約為70%；
　　5）三種昆蟲(chóng)存在堿基不對(duì)稱，其中H-鏈和L-鏈上的第3個(gè)密碼子位點(diǎn)AT的含量遠(yuǎn)高于其它位點(diǎn)；
　　6）三種昆蟲(chóng)線粒

5、體基因組中nad5、nad6和cob基因的堿基置換率均小于1，說(shuō)明它們受到負(fù)選擇作用。
　　以已測(cè)定的同翅目中27種昆蟲(chóng)為材料，采用最大似然法(Maximun likelihood，ML)和貝葉斯推理法(Bayesian inference，BI)分析rRNA和PCGs兩種數(shù)據(jù)集，構(gòu)建27種同翅目線粒體基因組序列系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。結(jié)果表明，基于PCG和rRNA的2個(gè)數(shù)據(jù)集構(gòu)建的ML樹(shù)和BI樹(shù)基本一致，大體上能將同翅目中不同科的物種聚在