利用ISSR和COI序列標(biāo)記分析不同地理仿刺參群體的遺傳多樣性.pdf

1、仿刺參(ApostichopusjaponicasSelenka)，屬棘皮動物門(Echinodermata)、游走亞門(Eleutherozoa)，海參綱(Holothuroidea)，楯手目(Aspidochirota)，刺參科(Stichopodidae)，仿刺參屬(Apostichopus)，主要分布在北太平洋沿岸淺海。雖然國內(nèi)外對海參綱的遺傳多樣性有些研究，但仍未見有利用DNA分子標(biāo)記研究仿刺參的遺傳多樣性相關(guān)方面的報道。本文

2、采用ISSR和COⅠ兩種分子標(biāo)記方法對大連海域金州大魏家(JD)、金州七頂山(JQ)、長興島(CXD)、大劉家(DLJ)和皮口(PK)五個地理亞群的養(yǎng)殖群體的仿刺參的遺傳多樣性和種群遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行了研究。結(jié)果表明，ISSR揭示了這五個地理亞群的仿刺參具有很高的遺傳多樣性。篩選出的12個ISSR引物擴(kuò)增出148條帶子，其中多態(tài)條帶為140條，總的多態(tài)位點(diǎn)比率為94.59﹪，平均多態(tài)位點(diǎn)11.67條，Nei指數(shù)為0.2756，Shannon指

3、數(shù)為0.4224，群體間遺傳分化指數(shù)Gst(0.5，說明這五個養(yǎng)殖群體的仿刺參群體的遺傳多樣性豐富。種群基因分化度Gst的變動范圍不大，為0.0378～0.0706，平均為0.0507，說明種群間的分化較小。種內(nèi)總的基因多樣性為0.2756。表明：遺傳多樣性主要存在于亞群內(nèi)，而不是亞群間，五個地理亞群顯示出了較大的遺傳相似性，這是由于基因流而造成的；通過計算五個亞群中任何兩亞群之間的遺傳多樣性，發(fā)現(xiàn)任何組合的遺傳多樣性都很豐富，亞群之間

4、的基因流水平也較高，遺傳分化指數(shù)最大值僅為0.0706，同樣說明了由于基因流的作用，亞群內(nèi)的變異要遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于亞群間的變異，而成為變異的主要方式。 從COⅠ序列的分析也可以證明這一點(diǎn)。經(jīng)測序，比對和對位排列后，有377個堿基具有同源序列。每個群體隨機(jī)選取5個個體進(jìn)行測序，其中有17個個體具有變異位點(diǎn)。變異位點(diǎn)數(shù)為26個，其中15個為多態(tài)位點(diǎn)。在26個變異位點(diǎn)中，有22個發(fā)生轉(zhuǎn)換的位點(diǎn)，2個發(fā)生顛換的位點(diǎn)，2個轉(zhuǎn)換和顛換同時存在的位點(diǎn)

5、。在17個具1有變異位點(diǎn)的個體中核苷酸變異度Pi為2.918﹪，表明，供試群體內(nèi)具有較高的遺傳多樣性。用MEGA3.0進(jìn)行序列的分析，所構(gòu)建的NJ和MP系統(tǒng)樹，從樹中可以看出，雖然將5個亞群分成了2支，但是有個別個體與其他群體聚在了一起，這表明了在亞群內(nèi)具有很強(qiáng)的遺傳多樣性。兩種方法所構(gòu)建的系統(tǒng)樹不同，ISSR構(gòu)建的系統(tǒng)樹將5個群體分為2支，DLJ和PK為一支，遺傳距離最近；JQ、JD和CXD聚在一起，其中JQ和JD的遺傳距離較近。CO