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1、離子通道是存在于所有細(xì)胞膜和細(xì)胞器膜(細(xì)胞核,線粒體,內(nèi)質(zhì)網(wǎng)等)上的一種特殊跨膜蛋白,各種離子可以通過(guò)離子通道上的孔道進(jìn)出細(xì)胞。離子通道根據(jù)門(mén)控機(jī)制的不同可分為配體門(mén)控離子通道、電壓門(mén)控離子通道等。對(duì)于大多數(shù)電壓門(mén)控型離子通道而言,通道對(duì)通過(guò)的離子有很強(qiáng)的選擇性。離子能否通過(guò)通道取決于離子的電荷(正或負(fù))和大小。因此,離子通道又可根據(jù)其通透的離子不同,稱為鈉離子通道、鉀離子通道等。
電壓門(mén)控型鉀離子通道(Kv通道)是一種重要的
2、電壓門(mén)控陽(yáng)離子通道,鉀離子進(jìn)出細(xì)胞依賴于細(xì)胞膜上電壓的改變。一般來(lái)說(shuō),電壓門(mén)控鉀離子通道為四聚體,包括四個(gè)電壓感受結(jié)構(gòu)域(VSD,包括四個(gè)螺旋,S1,S2,S3和S4)和一個(gè)中央孔道結(jié)構(gòu)域,這些結(jié)構(gòu)域在序列和結(jié)構(gòu)上比較保守。特別是在S4螺旋上有幾個(gè)高度保守的帶正電殘基。進(jìn)年來(lái),對(duì)鉀離子通道的研究主要集中在電生理實(shí)驗(yàn)研究方法和分子動(dòng)力學(xué)模擬方法,在序列分析方面研究較少。
本論文基于氨基酸序列,對(duì)鉀離子通道蛋白和非鉀離子通道蛋白進(jìn)
3、行了統(tǒng)計(jì)分析和預(yù)測(cè)。首先,我們建立鉀離子通道蛋白和非鉀離子通道蛋白序列數(shù)據(jù)庫(kù),這些序列分別取自NCBI蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)和UniProt蛋白數(shù)據(jù)庫(kù),并進(jìn)一步處理為非冗余的數(shù)據(jù)庫(kù)。第二,基于構(gòu)建的數(shù)據(jù)庫(kù),我們統(tǒng)計(jì)分析了鉀離子通道蛋白和非鉀離子通道蛋白在序列特征方面的差異,并利用統(tǒng)計(jì)的方法提取出能夠表征兩類(lèi)蛋白差異的參量。我們使用支持向量機(jī)方法,訓(xùn)練出能夠識(shí)別鉀離子通道蛋白和非鉀離子通道蛋白的分類(lèi)器,并對(duì)兩類(lèi)蛋白進(jìn)行了分類(lèi)預(yù)測(cè),預(yù)測(cè)精度為90.3%
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