整合子分析及研究平臺構(gòu)建.pdf

1、目的： 1、建立一個整合子的分析平臺，為研究其遺傳多樣性提供方便； 2、為分析和注釋實驗獲得的整合子數(shù)據(jù)提供一個比較快捷的通道； 3、比較完全地分析了整合酶附近基因盒內(nèi)包含的基因的種類和功能； 4、對目前的整合子序列進行整體分布分析，包括年代和國家等。 方法： 1、通過NCBI的RPS-BLAST序列相似性查詢工具找出包含整合酶保守域的序列； 2、通過NCBI的API工具eUtil

2、s下載被注釋為整合子的序列； 3、以Linux為操作平臺，采用Apache+PHP+Mysql構(gòu)建整合子分析平臺； 4、對基因盒可能表達的蛋白質(zhì)分別用PFAM和SUPERFAMILY庫從域的水平上進行分析，并采用COG進行了功能水平的分析； 5、采用Perl和BioPerl對收集的數(shù)據(jù)進行輔助分析和處理。 結(jié)果： 1、從收集的整合子來看，大部分基因盒包含的基因和目前已知的基因序列相似性比較低，屬于

3、功能未知的基因，如COG的注釋結(jié)果可以看出，8593個蛋白里有4263個蛋白不能找到相關(guān)的信息； 2、各型別的整合酶數(shù)量差異非常大，大部分是intI1，而且有很多intI1沒有被命名； 3、建立了一個整合子分析平臺，將整合子結(jié)構(gòu)以圖片的形式公布，更加直觀。用戶可以對不同來源的整合子進行比較，查看基因盒內(nèi)基因的詳細注釋； 4、除了高通量測序得到的uncultured bacterium數(shù)據(jù)，整合子主要來源于醫(yī)院內(nèi)較

4、常見的Pseudomonas，Escherichia，Salmonella和vibrio四個屬的菌株，其中又以Escherichia coli和Pseudomonas aeruginosa最多； 5、整合予結(jié)構(gòu)復雜，很多是通過物種來命名，相對比較雜亂，尚需一種新的分類方法來解決。 結(jié)論： 1、1類整合子相對其他數(shù)量比較多，intI1已經(jīng)是基因盒傳遞的一個比較適合的媒介；Ⅱ類整合子酶活性低，這與目前臨床上發(fā)現(xiàn)含Ⅱ類