嗜酸與非嗜酸性慢性鼻-鼻竇炎伴鼻息肉的轉(zhuǎn)錄組差異分析及功能研究.pdf

1、慢性鼻-鼻竇炎伴鼻息肉(CRSwNP)是人群中患病率最高的慢性疾病之一，其主要特征是鼻腔鼻竇黏膜的慢性持續(xù)性炎癥。CRSwNP是一種異質(zhì)性疾病，常按組織病理學(xué)分為嗜酸性慢性鼻-鼻竇炎伴鼻息肉(ECRSwNP)和非嗜酸性慢性鼻-鼻竇炎伴鼻息肉(non-ECRSwNP)兩種表型，兩者對(duì)糖皮質(zhì)激素等治療反應(yīng)性以及手術(shù)復(fù)發(fā)率等預(yù)后指標(biāo)不同。但是，目前兩種表型間臨床特征差異背后的發(fā)病機(jī)制尚不清楚，更無(wú)法針對(duì)不同的病因采用精準(zhǔn)的個(gè)性化治療手段。為了

2、更全面地了解兩種表型間的全基因組表達(dá)譜，系統(tǒng)地篩選差異基因及研究其在發(fā)病過(guò)程中發(fā)揮作用的分子機(jī)制，本研究利用二代高通量測(cè)序平臺(tái)，對(duì)ECRSwNP、non-ECRSwNP及正常對(duì)照患者的鼻息肉組織/正常黏膜進(jìn)行了全轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序(RNA-Seq)，以期加深對(duì)于ECRSwNP與non-ECRSwNP發(fā)病分子機(jī)制的差異的認(rèn)識(shí)，幫助實(shí)現(xiàn)CRSwNP的個(gè)性化治療。
　　第一部分 嗜酸性和非嗜酸性慢性鼻竇炎伴鼻息肉中mRNA和lncRNA的

3、差異表達(dá)研究
　　目的：通過(guò)RNA-Seq的方法研究ECRSwNP和non-ECRSwNP中基因表達(dá)譜的差異，探究其背后發(fā)病機(jī)制的差異。
　　方法：采用RNA-Seq技術(shù)對(duì)ECRSwNP、non-ECRSwNP及正常對(duì)照患者的鼻息肉組織/正常黏膜各三全轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序，獲取其基因表達(dá)譜。利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qRT-PCR)在獨(dú)立大樣本量患者中驗(yàn)證RNA-Seq結(jié)果的可靠性。通過(guò)生物信息學(xué)分析差異基因的聚類及功能。

4、　　結(jié)果：本研究共檢測(cè)到280個(gè)已知lncRNA并新發(fā)現(xiàn)1917個(gè)lncRNA。lncRNA與mRNA具有不同的基因組學(xué)結(jié)構(gòu)特點(diǎn)。ECRSwNP和non-ECRSwNP有不同的lncRNA和mRNA表達(dá)譜特征。大樣本量的qRT-PCR實(shí)驗(yàn)中5個(gè)差異基因表達(dá)量變化趨勢(shì)與RNA-Seq數(shù)據(jù)一致，證實(shí)了測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確性。CCL13和CXCL9等基因可能分別在ECRSwNP與non-ECRSwNP的發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮重要作用。
　　結(jié)論：ln

5、cRNA是存在于CRSwNP中一類有重要作用的轉(zhuǎn)錄本。RNA-Seq結(jié)果顯示ECRSwNP和non-ECRSwNP有各自特征性的基因表達(dá)譜，并篩選出了眾多可能在ECRSwNP與non-ECRSwNP的發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮重要作用的差異基因。
　　第二部分 嗜酸性和非嗜酸性慢性鼻竇炎伴鼻息肉中差異表達(dá)的mRNA和lncRNA的功能分析及作用機(jī)制研究
　　目的：通過(guò)分析ECRSwNP和non-ECRSwNP的差異表達(dá)及一致表達(dá)的mRN

6、A和lncRNA功能，探究CRSwNP兩種表型發(fā)病機(jī)制的異同。
　　方法：利用GO和KEGG富集分析得到ECRSwNP和non-ECRSwNP的差異表達(dá)及一致表達(dá)的mRNA的核心功能。利用lncRNA的cis和trans作用靶基因功能來(lái)預(yù)測(cè)差異表達(dá)的lncRNA的功能。利用RNA原位雜交和qRT-PCR檢測(cè)lncRNAXLOC_010280和其cis靶基因CCL18的關(guān)系。
　　結(jié)果：我們發(fā)現(xiàn)炎癥與免疫反應(yīng)及細(xì)胞外微環(huán)境是C

7、RSwNP的發(fā)病機(jī)制的核心通路，而ECRSwNP和non-ECRSwNP具有不同的炎癥譜。差異表達(dá)的lncRNA的功能預(yù)測(cè)結(jié)果與差異表達(dá)的mRNA功能高度吻合，說(shuō)明lncRNA對(duì)于蛋白編碼基因有重要調(diào)控功能。lncRNA XLOC_010280與其cis靶基因CCL18均在ECRSwNP中特異性表達(dá)且相關(guān)性強(qiáng)，提示XLOC_010280可能對(duì)CCL18發(fā)揮cis調(diào)節(jié)作用。
　　結(jié)論：炎癥與免疫反應(yīng)及細(xì)胞外微環(huán)境是CRSwNP的發(fā)病