竹節(jié)參及其變種β-AS基因gDNA克隆和相關(guān)生物信息學(xué)分析.pdf

1、目的：克隆得到竹節(jié)參、狹葉竹節(jié)參、羽葉三七及珠子參β-AS基因 gDNA序列全長，利用主流軟件對4條β-AS基因gDNA序列結(jié)構(gòu)進(jìn)行初步預(yù)測分析，為今后深入研究打好基礎(chǔ)。同時(shí)，對其對應(yīng)的蛋白質(zhì)進(jìn)行生物信息學(xué)及結(jié)構(gòu)的預(yù)測分析，驗(yàn)證所得序列的正確性，為以后相關(guān)組學(xué)的研究做準(zhǔn)備。
　　方法：（1）改良CTAB法提取高質(zhì)量的DNA。（2）用軟件Primer5.0對參考序列進(jìn)行分段，并設(shè)計(jì)多對引物進(jìn)行篩選。（3）用T載體連接PCR產(chǎn)物，克隆

2、目的片段，挑取陽性克隆，搖菌測序。（4）使用軟件SeqMan對測序所得序列進(jìn)行剪切拼接，得到完整的4條β-AS基因gDNA序列。（5）利用Augustus、BioEdit、DNASTAR、MEGA5.0、Protparam等軟件對竹節(jié)參等4個(gè)研究對象的核苷酸和氨基酸序列進(jìn)行分析。
　　結(jié)果：（1）通過PCR克隆方法，成功獲得竹節(jié)參、狹葉竹節(jié)參、羽葉三七和珠子參β-AS基因gDNA序列全長，通過軟件預(yù)測與序列比對，得到4條β-AS基

3、因gDNA序列結(jié)構(gòu)：竹節(jié)參β-AS基因含有13個(gè)外顯子和14個(gè)內(nèi)含子，外顯子大小1758bp；狹葉竹節(jié)參β-AS基因包含16個(gè)外顯子和17個(gè)內(nèi)含子，外顯子大小1920bp；羽葉三七β-AS基因由9個(gè)外顯子和10個(gè)內(nèi)含子組成，外顯子大小1592bp；珠子參β-AS基因由11個(gè)外顯子和12個(gè)內(nèi)含子組成，外顯子大小1702bp。（2）根據(jù)4條β-AS基因gDNA序列預(yù)測對應(yīng)的cDNA序列；利用MegAlign、SignalP、ProtScal

4、e等軟件預(yù)測分析對應(yīng)的氨基酸序列及β-AS蛋白結(jié)構(gòu)。結(jié)果顯示：4個(gè)β-AS蛋白氨基酸同源性大于等于89.6％，四者二級結(jié)構(gòu)主要由α-螺旋和β-轉(zhuǎn)角構(gòu)成；4個(gè)β-AS蛋白均沒有信號(hào)肽，且均屬于親水性蛋白。
　　結(jié)論：本研究重點(diǎn)從竹節(jié)參及其變種β-AS基因結(jié)構(gòu)著手，通過PCR方法從竹節(jié)參、狹葉竹節(jié)參、羽葉三七、珠子參基因組DNA中分別克隆得到4條β-AS基因的gDNA序列，并成功預(yù)測和分析了四者的cDNA序列、氨基酸序列及各自蛋白結(jié)構(gòu)