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文檔簡介
1、根據(jù)NCBI數(shù)據(jù)庫相關(guān)信息,本文設計了特異引物,從野生夏葡萄葉片克隆了PR3和PR5基因。利用公共數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù),采用生物信息學的理論和方法,對獲得的野生夏葡萄病程相關(guān)蛋白基因進行了較全面的性質(zhì)分析。為后續(xù)的功能研究提供理論基礎,也為利用生物信息學方法深入研究功能基因提供新的思路。主要研究內(nèi)容結(jié)果如下:
⑴根據(jù)數(shù)據(jù)庫信息,成功克隆出野生夏葡萄PR3和PR5基因。
⑵采用生物信息學方法進行信號肽分析,結(jié)果表明,PR
2、3很可能是具有信號肽的分泌型蛋白,而PR5具有信號肽的可能性很小。
⑶運用生物信息學的方法和工具對野生夏葡萄PR3和PR5基因的核苷酸和氨基酸序列進行分析;并對它們的疏水性/親水性、跨膜結(jié)構(gòu)域、蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)和功能結(jié)構(gòu)域進行預測和分析。這些預測和分析結(jié)果表明:野生夏葡萄PR3的功能域是chitinase,PR5的功能域是thaumatin。
⑷NCBI上的電子表達譜分析表明野生夏葡萄PR3和PR5可
3、能在葡萄多種器官中表達,但不同的PR基因在不同的組織中表達強弱不同。
⑸用PlantCARE分析野生夏葡萄PR3和PR5基因的啟動子,發(fā)現(xiàn)它們具有啟動子的基本元件TATA-box、CAAT-box,并含有真菌誘導元件Box-W1及與防御和脅迫相關(guān)的作用元件TC-rich repeats,還包含與水楊酸相關(guān)的作用元件TGA-element,與脫落酸相關(guān)的作用元件ABRE,與茉莉酸甲酯相關(guān)的作用元件CGTCA-motif和TG
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