蛋白質(zhì)序列中RNA結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測.pdf

1、隨著后基因組時(shí)代的到來，使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法對生物數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘已經(jīng)成為生物學(xué)研究的一種新方法。本課題主要利用支持向量機(jī)方法，結(jié)合蛋白質(zhì)序列的特征提取，實(shí)現(xiàn)在氨基酸殘基的水平上對蛋白質(zhì)序列中的RNA結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測。 蛋白質(zhì)-RNA相互作用在許多生物活動(dòng)中起著重要的作用，如蛋白質(zhì)的合成、基因表達(dá)的調(diào)節(jié)等。為了在只給定一條蛋白質(zhì)序列的情況下，判斷它的哪些位點(diǎn)是RNA結(jié)合高發(fā)區(qū)，哪些是不容易發(fā)生RNA結(jié)合的位點(diǎn)，我們使用位置特異性打分

2、矩陣和支持向量機(jī)相結(jié)合的方法建立了一個(gè)全新的RNA結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測模型。結(jié)果表明，我們的預(yù)測模型凈預(yù)測值達(dá)到了72．2％(敏感性為61.0％，特異性為83.3％)。與之前的同是在氨基酸殘基水平上對蛋白質(zhì)序列中RNA結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測的兩個(gè)模型相比，我們的模型有更高的準(zhǔn)確性和更好的推廣性。 在新建立的RNA結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測模型的基礎(chǔ)上，我們結(jié)合計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)技術(shù)，開發(fā)了RISP在線預(yù)測系統(tǒng)(http://grcseu．edu．cn/risp)。