微陣列比較基因組雜交技術(shù)檢測(cè)兒童急性淋巴細(xì)胞白血病的遺傳學(xué)異常.pdf

1、兒童急性淋巴細(xì)胞白血病是最常見(jiàn)的兒童惡性腫瘤，占兒童癌癥的30％。臨床上劃分治療風(fēng)險(xiǎn)組依賴發(fā)病年齡、診斷時(shí)白細(xì)胞計(jì)數(shù)、免疫學(xué)、細(xì)胞遺傳學(xué)、潑尼松誘導(dǎo)反應(yīng)等參數(shù)。采用不同的化療強(qiáng)度可使預(yù)后明顯改善，尤其是急性淋巴細(xì)胞白血病(acute lymphoblastic leukemia，ALL）的臨床治愈率接近80%,但15-20%的ALL最終會(huì)復(fù)發(fā)，且復(fù)發(fā)后的5年無(wú)病生存率（Disease Free Survival，EFS）僅僅10-40%

2、,是最常見(jiàn)的癌癥相關(guān)死亡原因。遺憾的是，部分最初是低風(fēng)險(xiǎn)或者良好細(xì)胞遺傳學(xué)標(biāo)記的患兒也會(huì)面臨治療失敗或復(fù)發(fā)，這說(shuō)明白血病隱藏了更隱匿更顯微的遺傳物質(zhì)改變?？梢?jiàn)傳統(tǒng)的細(xì)胞和分子遺傳學(xué)技術(shù)雖然在檢測(cè)染色體數(shù)目或結(jié)構(gòu)變異上各有優(yōu)勢(shì)，但對(duì)亞顯微的遺傳物質(zhì)改變的檢測(cè)卻受到種種限制，例如傳統(tǒng)的染色體檢查方法G顯帶核型分析技術(shù)，雖然可以從宏觀上分析全套染色體的數(shù)目和結(jié)構(gòu)異常，但是其分辨率低，最好約為5-10Mb，白血病細(xì)胞培養(yǎng)失敗和正常細(xì)胞過(guò)度生長(zhǎng)占

3、40%比例，且不同實(shí)驗(yàn)室之間對(duì)核型解釋也有差異。熒光原位雜交（Fluorescence in situ Hybridization，F(xiàn)ISH）雖然可以檢測(cè)到染色體的亞顯微結(jié)構(gòu)異常（分辨率由探針大小決定，可以達(dá)到100Kb），但卻要已知明確或可疑異常的染色體異常，所以僅有少數(shù)幾個(gè)有針對(duì)性的探針用于檢測(cè)幾個(gè)DNA變異區(qū)域，不能做到全基因組篩查。微陣列比較基因組雜交（array comparative genomic hybridizatio

4、n，array CGH）是一種高分辨率、高通量、高效率的全基因組篩查技術(shù)，能檢測(cè)到亞顯微的染色體異常（微重復(fù)或微缺失）、精確定位斷裂點(diǎn)，分辨率高，達(dá)100kb，有效地彌補(bǔ)了現(xiàn)有方法的局限性，對(duì)于非平衡染色體畸變是一個(gè)強(qiáng)有力的工具。本研究采用該技術(shù)檢測(cè)急性淋巴細(xì)胞性白血病患兒的遺傳學(xué)異常，評(píng)估其在兒童急性淋巴細(xì)胞性白血病遺傳學(xué)診斷上的應(yīng)用價(jià)值。
　　一、目的：
　　1利用微陣列比較基因組雜交技術(shù)分析兒童急性淋巴細(xì)胞性白血病患兒

5、的遺傳學(xué)異常，探討其在白血病遺傳學(xué)異常檢測(cè)中的應(yīng)用價(jià)值。2對(duì)兒童急性淋巴細(xì)胞白血病患兒進(jìn)行全基因組 DNA拷貝數(shù)異常（CNVs）分析，發(fā)現(xiàn)常見(jiàn)的染色體異常區(qū)域。
　　二、方法：
　　1將19例患兒提取骨髓基因組DNA后按Affymetrix公司的CytoScan HD Array實(shí)驗(yàn)操作指南進(jìn)行全基因組雜交與掃描，再用Chromosome Analysis Suite分析軟件進(jìn)行全基因組拷貝數(shù)變異分析。
　　2數(shù)據(jù)庫(kù)及

6、文獻(xiàn)比對(duì)分析
　　（1）查詢database of genomic variants(http://pro ects.tcag.ca/variation; GRCh37，F(xiàn)eb2009),排除多態(tài)性CNVs。
　?。?）查詢OMIM、NCBI、Ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)了解涉及的染色體片段及基因的是否與白血病相關(guān)。
　?。?）通過(guò)檢索詞“l(fā)eukemia”、“cancer”、“ Acute lymphoblasticleuk

7、emia”、“children”、“copy number aberration”、“array Comparative Genomic Hybridization”、“genetics”、涉及CNVs的染色體或基因，如“1q44”、“IKZF1”等相互組合在pubmed上搜索文獻(xiàn)，與實(shí)驗(yàn)結(jié)果比較。
　　三、結(jié)果：
　　1、每個(gè)患兒均檢出涉及4-11條染色體的拷貝數(shù)變化，最常涉及的有拷貝數(shù)變化最小共同區(qū)域（minimal c

8、ommon regions，MCR）的有1q44、8p11.22、9p21.3、12p13.31、12q21.3、14q32.33、22q11.22。
　　2、幾個(gè)已經(jīng)證實(shí)的白血病相關(guān)基因及癌癥候選基因包括 CDKN2A、CDKN2B、PAX5、BTG1、IKZF1、OR2C3、VPREB1在少量的樣本中被檢測(cè)到，對(duì)于ETV6（雖然常涉及易位，但也會(huì)有缺失），JAK2（致病性與基因突變相關(guān)），ARID5B等未能檢出可能與樣本數(shù)量少

9、有關(guān)。
　　3、患兒0819251臨床診斷為ALL-L2,Pro-B,HR，BCR-ABL1陰性，array-CGH發(fā)現(xiàn)同時(shí)有CDKN2A/CDKN2B（9p21.3），PAX5（9p）和IKZF1（7p12.2）的CNL，且這幾個(gè)拷貝數(shù)缺失分別為101Kb，118Kb，109Kb。這幾個(gè)基因的拷貝數(shù)減少與臨床進(jìn)展快，早期復(fù)發(fā)有關(guān)。而該患兒復(fù)發(fā)早，進(jìn)展快，與之相符，拷貝數(shù)大小均在200Kb以下，極大的體現(xiàn)了array-CGH的高敏