華癸中慢生根瘤菌7635R sRNA的預測與初步鑒定.pdf

1、隨著生物技術(shù)的發(fā)展，人們對sRNA(small RNA)的研究逐漸深入，在植物、動物和微生物中報道的sRNA越來越多，并且建立了sRNA數(shù)據(jù)庫，為sRNA的生物信息分析提供了大量資料。生物信息學分析成為預測sRNA的重要手段并被廣泛采用，較為成熟的sRNA預測方法是QRNA法和deepBase法。結(jié)合Northern雜交和生物芯片等實驗手段，可以進一步驗證預測sRNA的真實性。
　　 本文通過QRNA預測方法，對華癸中慢生根瘤菌

2、7653R基因組中的非編碼區(qū)進行了預測，篩選獲得9個候選sRNA，分別是SraG RNA、CsrB RNA、SraC RNA、MicF RNA、RsmYRNA、HgcC RNA、RtTRNA、ISO61 RNA、Qrr RNA。在查閱文獻基礎(chǔ)上對9個sRNA的可能功能、上下游結(jié)構(gòu)基因的信息和作用方式進行了歸納和整理。為了進一步獲得實驗證據(jù)闡明9個預測的sRNA的真實性，我們通過RT-PCR證實了9個sRNA在自生培養(yǎng)的7653R總RNA

3、中存在相應的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，并利用Northern雜交和熒光定量RT-PCR初步查明其參與調(diào)控的生理過程。結(jié)果顯示:經(jīng)共生、厭氧培養(yǎng)和H2O2、4M NaCl、酸堿、溫度等不同脅迫條件處理時，9個sRNA在7653R中均受不同脅迫條件的誘導表達，且在不同脅迫條件下表達量不同，特別是根瘤中表達量最高的是SraG RNA、HgcC RNA和RtT RNA;37℃處理時表達量最高的是CsrBRNA;10℃處理時表達量最高的是SraC RNA和ISO