基于粗?；Ｐ蛯τ袡C溶劑的分子動力學(xué)模擬.pdf

1、這篇論文介紹了基于電多極展開勢(EMP)和Gay—Berne(GB)勢的粗粒化分子力學(xué)模型．把有機小分子處理成單軸的橢球體，用各向異性的GB函數(shù)表示兩個單軸橢球體之間的相互作用勢，從而實現(xiàn)了對van der Waals相互作用勢的粗?；７肿芋w系的電荷分布由電多極展開表示，包括位于質(zhì)心處的點電荷，偶極矩和四極矩。在基于Boltzmann分布對四種基本的分子構(gòu)象進行了Monte Carlo取樣之后，通過與全原子模型的van derWaal

2、s相互作用勢比較得到了GB參數(shù)。又在對用量子化學(xué)方法計算得到的分子體系的靜電相互作用勢進行了電荷，偶極矩和四極矩的擬合之后，得到了EMP參數(shù)。
　　 利用得到的粗粒化參數(shù)，基于此粗粒化模型，本文對CHCl3，CH2Cl2，C5H5N，DMF，DMSO，THF六種有機小分子進行了分子動力學(xué)模擬，并將其結(jié)果同全原子模型進行了比較。計算得到的結(jié)果表明了用此粗?；Ｐ蛷恼w上能夠重復(fù)全原子模型的結(jié)果，但是在某些細節(jié)的計算上與全原子模型有

3、些偏差，其因為可能是在目前的工作中僅僅考慮了單個位點的情況。因此，今后在對具有復(fù)雜結(jié)構(gòu)的分子體系進行粗?；M時還應(yīng)該考慮合理地放置相互作用位點以及增加相互作用位點的數(shù)目。用此粗?；Ｐ瓦M行分子動力學(xué)模擬的主要優(yōu)點是它可以在保證能夠獲得一定精度的條件下較大幅度地提高了計算的效率，這主要是由于用粗?；腉B—EMP相互作用代替了多對原子之間的相互作用，從而減少了自由度的數(shù)目。另外的一個重要的因素是忽略了鍵長，鍵角和二面角的高頻運動，使增大