二聚杯芳烴一類新主槽鍵合試劑

1、1二聚杯芳烴：一類新的主槽粘合劑WenbinHuCarolineBleckingMarijetaKraljLidijaSˇumanIvoPiantanidaThomasSchrader摘要摘要：一種新的DNA鍵合試劑被提出。陽離子基團(tuán)作用于二聚杯4芳烴的上層邊緣，并且靈活的烷基橋可以被三重乙?；Ｗo(hù)的杯4芳烴羥化四甲銨在相對短的合成序列中合成。（35步驟）。這些化合物把自己與雙鏈核酸用非共價鍵連接，用微摩爾到微毫摩爾的作用力。帶有延長氫

2、鍵的胍鹽基團(tuán)比銨基更強(qiáng)大，并且芐胺系列優(yōu)于芐氨基系列（見下）。新的配體能簡單地區(qū)別于RNA和各種DNA，并且可以在紫外，可見光，熒光，CD和核磁共振譜中產(chǎn)生特性變化。特別是低聚核苷酸，超過100個堿基對的親和力增強(qiáng)，從RNA（10微摩爾Kd）AT富（1微摩爾）GC富DNA雙層(10010納摩爾)。溴化乙錠位移研究證實(shí)這種規(guī)律。CE50值非常低，比典型的鍵合劑精胺少300倍?；瘜W(xué)計(jì)量法比之更高（一個杯芳烴二聚每兩個BP），暗示了一個潛在的

3、內(nèi)部主槽的聚合配體。多數(shù)紫外可見曲線顯示一個倒置的形狀，并且開始增強(qiáng)DNA化合物的吸收強(qiáng)度。DAPI位移研究表明一個杯芳烴二聚物可以被容納在燃料加載的DNA中。RNA通過杯芳烴二聚物絡(luò)合是由一個激烈的CD光譜過渡。從典型的形式A到優(yōu)秀的結(jié)構(gòu)B，這提供了主槽鍵合劑進(jìn)一步研究的證據(jù)。配體的方向可以由NMR推導(dǎo)出來，并且可在1:1復(fù)合物的水里進(jìn)行蒙特卡洛模擬再重現(xiàn)。關(guān)鍵詞關(guān)鍵詞：杯芳烴圓二色性DNA識別熒光探針氫鍵分子識別紫外可見光譜引言引言

4、核酸識別是一個基本的生物過程。它是一個主要的先決條件的基因表達(dá)。所有轉(zhuǎn)錄因子和蛋白質(zhì)調(diào)節(jié)在一個特定的DNA片段上并且促進(jìn)或者抑制轉(zhuǎn)錄各自的基因。此外，無數(shù)其他自然產(chǎn)品專為DNA識別，正如同許多合成的試劑。這些化合物都被綁定到不同區(qū)域的雙鏈核酸上，有著深遠(yuǎn)的生物影響。事實(shí)上，很高比例的臨床藥物抗腫瘤試劑都是DNA鍵合劑。他們的作用機(jī)制主要是依靠夾層（阿霉素）和雙鏈中斷的病變或交叉鏈接（舉個例子，順鉑和環(huán)磷酰胺），但是這些都有嚴(yán)重的副作用。

5、統(tǒng)稱使用四種不同途徑進(jìn)行DNA識別：夾層進(jìn)堿基對，非特定的綁定到糖磷酸鹽骨干上，主副槽的插入。為解決一個特定的目的基因，后兩個案例是有利的，因?yàn)?，基本序列可被訪問并且是可讀的。Dervan等人已經(jīng)開發(fā)出一種酰胺低聚物，能建立成對的氫鍵接觸到所有的堿基對組合，并且能夠閱讀一個47個堿基片段在小溝槽里面。在游離的人類紅血球，艾滋病毒轉(zhuǎn)錄，今后，可以有效地抑制病毒的復(fù)制。自然更喜歡使用更廣泛的大槽，它有正確的尺寸去適應(yīng)圓柱形的氨基酸α螺旋線。

6、蛋白質(zhì)如鋅指，亮氨酸拉鏈，螺旋狀螺旋和螺旋循環(huán)螺旋結(jié)構(gòu)都很好地適用于這個用途。堿基對的分子識別通過氫鍵發(fā)生，優(yōu)先與堿基和氨基酸。這樣的殘留物進(jìn)一步穩(wěn)定了磷酸離子形成的復(fù)雜鹽橋。3處理由六種相對應(yīng)的物質(zhì)處理最后溫和的水解。化合物D4由三份胍制得，廣泛的色譜凈化，耦合，最后用鹽酸處理。單體和二聚體被存儲為各自的三氟乙酸鹽或是鹽酸鹽。這些杯芳烴大體在他們的pK值上不同：兩個胍鹽二聚體顯示pK值到了12，這個芐胺衍生物的pK值有10，但是苯甲胺

7、衍生物的pK只有5（在第一次質(zhì)子化步驟）。然而，在pH=7時，化合物D2，D3和D4本質(zhì)上是六質(zhì)子化的，而D1只帶有兩個正電荷，這是一個缺點(diǎn)如果DNA絡(luò)合僅依賴靜電吸引的話。另一個苯胺和芐胺系列的顯著差異是他們的水溶性：化合物D1和D2僅能溶解在甲醇與水1:1的緩沖溶液中，而毫克數(shù)量級的D3和D4可以再生理鹽負(fù)荷的水緩沖溶液中。二聚以及單體杯芳烴受到一個廣泛范圍的DNA和RNA在不同長度核酸基片鍵合實(shí)驗(yàn)的影響。除了腫瘤細(xì)胞的毒性評估，這