genbank數(shù)據(jù)庫檢索及其應用（2017）ppt

1、,GenBank(Nucleotide)數(shù)據(jù)庫檢索及其應用,重慶醫(yī)科大學圖書館 李 軼,NCBI網(wǎng)站簡介,內 容,NCBI網(wǎng)站簡介,http://www.ncbi.nlm.nih.gov,,NCBI網(wǎng)站簡介,NCBI的任務,1,為儲存和分析分子生物學、生物化學、遺傳學知識創(chuàng)建自動化系統(tǒng) ；從事研究基于計算機的信息處理過程的高級方法，用于分析生物學上重要的分子和化合物的結構與功能; 促進生物技術研究者和醫(yī)藥治療人員對數(shù)據(jù)庫和軟

2、件的使用；促進全世界范圍內的生物技術信息收集的合作。,生物信息學網(wǎng)站,NCBI網(wǎng)站簡介,NCBI的任務,NCBI的資源與工具,1,2,,,,,數(shù)據(jù)庫,工具,數(shù)據(jù)提交,培訓,NCBI的資源與工具,,數(shù)據(jù)庫,NCBI的資源與工具,,,,分子數(shù)據(jù)庫,基因組數(shù)據(jù)庫,NCBI的資源與工具,文獻數(shù)據(jù)庫,,工具,NCBI的資源與工具,,,,檢索工具,數(shù)據(jù)分析工具,下載工具,程序軟件,,NCBI的資源與工具,,數(shù)據(jù)提交,NCBI的資源與工具,,,NC

3、BI的資源與工具,,培訓,NCBI網(wǎng)站簡介,GenBank數(shù)據(jù)庫檢索方法,內 容,GenBank數(shù)據(jù)庫,1,簡 介,GenBank數(shù)據(jù)庫是由美國國立生物技術信息中心（NCBI）維護的一級核酸序列數(shù)據(jù)庫。,GenBank數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)來源有三種：1. 直接來源于測序工作者提交的序列；2. 與其它數(shù)據(jù)機構協(xié)作交換的數(shù)據(jù)；3. 美國專利局提供的專利數(shù)據(jù)。,GenBank數(shù)據(jù)庫,1,2,簡 介,Entrez檢索功能,1. 檢索

4、界面,Entrez檢索界面,基本檢索界面,,,Entrez基本檢索界面,,Entrez基本檢索界面,,,,,Entrez基本檢索界面,,,Entrez基本檢索界面,Nucleotide數(shù)據(jù)庫分為三個子數(shù)據(jù)庫：,EST :表達序列標記數(shù)據(jù)庫GSS :基因組測序序列數(shù)據(jù)庫CoreNucleotide :包含所有未被以上兩個子數(shù)據(jù)庫收錄的核苷酸序列,Entrez檢索界面,跨庫檢索界面,,Entrez跨庫檢索界面,,,Entrez跨庫檢

5、索界面,GenBank數(shù)據(jù)庫,1,2,簡 介,Entrez檢索功能,1. 檢索界面2. 基本檢索功能,Entrez基本檢索功能,字段限制檢索,,“ras”,Entrez基本檢索功能,,Entrez基本檢索功能,“ras”,檢索限定詞：,1. 基因名稱的檢索限定詞： [GENE] or [GENE NAME]2. 生物體名稱的檢索限定詞：[ORGN] or [ORGANISM]3. 作者姓名的檢索限定詞： [

6、AUTH] or [AUTHOR]4. 序列接受號的檢索限定詞：[ACCN]or [ACCESSION],,“ras”[GENE],Entrez基本檢索功能,,Entrez基本檢索功能,“ras”[GENE],Entrez基本檢索功能,特殊標志符檢索,特殊標志符的格式（核酸序列）：,1. 序列辨認號（GI）：一串阿拉伯數(shù)字 e.g.：77682378,,GI:77682378,Entrez基本檢索功能,特殊標志符的格式

7、（核酸序列）：,1. 序列辨認號（GI）：一串阿拉伯數(shù)字 e.g.：77682378,2. GenBank/EMBL/DDBJ序列接受號： (1)1個字母+5個阿拉伯數(shù)字 e.g.：U12345 (2)2個字母+6個阿拉伯數(shù)字 e.g.：AY123456，Af123456,,AE014298.5,Entrez基本檢索功能,特殊標志符的格式（核酸序列）：,

8、3. RefSeq（Reference Sequence）序列接受號:,（1）mRNA 記錄（NM_*）: e.g.:NM_000492（2）基因組的DNA重疊群（NT_*）: e.g.:NT_000347（3）完整的基因組或染色體（NC_*）: e.g.:NC_000907（4）基因組的局部區(qū)域（NG_*）: e.g.:NG_000019（5）從人類基因組注釋、加工得到的序列模型（XM

9、，XP，or XR_*）： e.g.:XM_000483,NM_001017003.2,,Entrez基本檢索功能,特殊標志符的格式（核酸序列）：,4. PDB序列接受號：１個阿拉伯數(shù)字＋３個字母 e.g.：１TUP,序列接受號的檢索限定詞為[ACCN]or[ACCESSION],Entrez基本檢索功能,序列長度檢索,,1510[SLEN],Entrez基本檢索功能,,Entrez基本檢索功能,Entrez基本

10、檢索功能,范圍檢索,范圍檢索：中間用冒號連接,1. 序列接受號范圍檢索： AF114696:AF114714[ACCN] 2. 序列長度范圍檢索： 3000:4000[SLEN] 3. 日期范圍檢索： 2005/01:2006/09/26[MDAT]or[PDAT],GenBank數(shù)據(jù)庫,1,2,簡 介,Entrez檢索功能,1. 檢索界面

11、基本檢索功能高級檢索功能,,Entrez高級檢索功能,,,,限制檢索及索引檢索框,檢索歷史,Entrez高級檢索功能,檢索框,限制檢索,Entrez高級檢索功能,,限制檢索及索引檢索框,Entrez高級檢索功能：限制檢索,,Entrez高級檢索功能：限制檢索,,Entrez高級檢索功能：限制檢索,“ras”,Entrez高級檢索功能：限制檢索,,Entrez高級檢索功能：限制檢索,“ras”[Gene Name],,,Entrez高級

12、檢索功能：限制檢索,索引檢索,Entrez高級檢索功能,,限制檢索及索引檢索框,Entrez高級檢索功能：索引檢索,hepatitis b,,Entrez高級檢索功能：索引檢索,,乙型肝炎索引,Entrez高級檢索功能：索引檢索,,Entrez高級檢索功能：索引檢索,,,Entrez高級檢索功能：索引檢索,,序列特性關鍵詞索引,Entrez高級檢索功能：索引檢索,序列特性關鍵詞索引,,Entrez高級檢索功能：索引檢索,,Entrez高

13、級檢索功能：索引檢索,,Entrez高級檢索功能：索引檢索,“ras”,Entrez高級檢索功能：索引檢索,,“ras”,Entrez高級檢索功能：索引檢索,(“promoter”[Feature key])AND “ras”[Gene Name],,(“promoter”[Feature key])AND “ras”[Gene Name],Entrez高級檢索功能：索引檢索,GenBank數(shù)據(jù)庫,1,2,簡 介,Entrez檢索功能

14、,1. 檢索界面基本檢索功能高級檢索功能檢索結果的顯示,,,,檢索結果的顯示,,,檢索結果的顯示,,,,,序列特性表,檢索結果的顯示,GenBank記錄中特性表中的主要關鍵詞:,GenBank記錄中特性表中的主要關鍵詞:,GenBank記錄中特性表中的主要關鍵詞:,GenBank記錄中特性表中的限定詞:,GenBank記錄中特性表中的限定詞:,GenBank記錄中特性表中的限定詞:,GenBank記錄中特性表中的限定詞:,,序

15、 列,檢索結果的顯示,,下載序列,,序 列,下載序列,,下載序列,,下載序列,GenBank數(shù)據(jù)庫,1,2,3,簡 介,Entrez檢索功能,BLAST檢索功能,blastn (nucleotide blast)是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對一地核酸序列比對。blastp (protein blast)是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。庫中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對一的

16、序列比對。blastx是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會被翻譯成可能的六條蛋白），再對每一條作一對一的蛋白序列比對。tblastn是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與blastx相反，它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。tblastx是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會產生6條可能的蛋白序列），這樣

17、每次比對會產生36種比對陣列。,BLAST,BLAST,,BLAST,,,,,,BLAST,NCBI網(wǎng)站簡介,GenBank數(shù)據(jù)庫檢索方法,如何檢索基因或基因編碼產物的功能,內 容,如何檢索基因或基因編碼產物的功能：,1,基因名稱,,,通過基因名稱檢索基因或基因編碼產物的功能,,通過基因名稱檢索基因或基因編碼產物的功能,,“ras”[GENE],通過基因名稱檢索基因或基因編碼產物的功能,,通過基因名稱檢索基因或基因編碼產物的功能,如何

18、檢索基因或基因編碼產物的功能：,1,2,基因名稱,序列接受號,,,NM_001126,通過序列接受號檢索基因或基因編碼產物的功能,,,通過序列接受號檢索基因或基因編碼產物的功能,,,通過序列接受號檢索基因或基因編碼產物的功能,,序列接受號為NM_001126的核酸序列的GenBank格式,通過序列接受號檢索基因或基因編碼產物的功能,,,通過序列接受號檢索基因或基因編碼產物的功能,,通過序列接受號檢索基因或基因編碼產物的功能,如何檢索基因