數(shù)字實驗室邁向無紙化

1、數(shù)字數(shù)字實驗實驗室邁向無向無紙化馮詩齊編譯●這回并不只是回并不只是說說說說而已，本文敘述的而已，本文敘述的實驗實驗室管理室管理軟件和件和電子記事本事本——從追蹤從追蹤試劑試劑供給到分享到分享實驗實驗報告等告等——正在正在邁向—個無個無紙化實驗實驗室的室的時代。幾十年來人代。幾十年來人們一直在追求的目一直在追求的目標，現(xiàn)在看來最在看來最終要實現(xiàn)實現(xiàn)了。了。斯坦福大學詹姆斯H克拉克中心詹姆斯H克拉克中心的地下室擁有現(xiàn)代影像學實驗室的全套裝備

2、：一臺X射線掃描儀在工作著，旁邊是一臺專用于掃描小鼠大腦的微型磁共振成像儀(MRI)。這種儀器是中心所在的加州斯坦福大學研究人員一直在期待的設(shè)備。然而有一臺“設(shè)備”的缺席引起了人們的注意：這就是毫不起眼的紙質(zhì)記事本。米歇爾詹姆斯(MichelleJames)在用她的iPad做筆記、檢查實驗計劃和觀察她的有關(guān)阿爾茨海默氏癥的早期檢測技術(shù)的實驗進程。4個月前，詹姆斯第一次將這種設(shè)備帶到實驗室，實質(zhì)上它已經(jīng)取代了她之前用于記錄的紙質(zhì)記事本?！?/p>

3、紙張并不能為我提供什么，”詹姆斯聲稱。“紙張并不能為我提供什么”開始在越來越多的實驗室中踐行著，一些研究團隊已經(jīng)扔掉了紙質(zhì)記事本而從谷歌上下載軟件。比如，作為共享文檔的免費工具、電子表格和日歷等；另一些人則發(fā)現(xiàn)，專為實驗室設(shè)計的軟件已經(jīng)“進化”到能夠可靠地完成一系列的任務(wù)，從追蹤試劑的供給到分享實驗報告。這個無紙化實驗室的時代，人們幾十年來一直在追求，看來最終要實現(xiàn)了。采納者說，一個實現(xiàn)無紙化的實驗室為其提供了真正的優(yōu)勢；實驗人員說，數(shù)

4、字記事本能幫助他們追蹤其實驗的更多細節(jié)，特別在項目文檔適合他們的需要時，實驗室負責人能夠更有效地追蹤和關(guān)注項目的進展，或聯(lián)機訪問或與同事共享。甚至，數(shù)字化記事本可以幫助研究人員從系統(tǒng)存儲的數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)其中的關(guān)聯(lián)，或提取結(jié)果。加州帕羅奧圖市Syapse公司創(chuàng)始人喬納森赫希(JonathanHirsch)說，他們開發(fā)的軟件被詹姆斯用來管理和分享其成果，“或更好地了解你的數(shù)據(jù)中究竟是什么讓人們真正興奮?！痹俅巫呦驘o紙化再次走向無紙化去年12月，

5、改名為Labguru重新上市的BioData軟件解決了這個問題——可以鏈接與研究相關(guān)信息的任何網(wǎng)頁，從實驗方案和結(jié)果到圖像和相關(guān)論文。按格羅斯的說法，這樣既易于跟蹤進度，又易于組配論文的各個部分。一個附加的系統(tǒng)使得實驗可以共享一個諸如特定基因或細胞系的公共組件。外部協(xié)作者可以用密碼來訪問特定的項目，由于數(shù)據(jù)存儲在云系統(tǒng)中，這種訪問可以在任何地方進行。一個時代的終結(jié)一個時代的終結(jié)在現(xiàn)有的基礎(chǔ)上，格羅斯計劃在其軟件上增加新的功能：他正在考慮

6、將他的系統(tǒng)與《NatureProtocols》雜志以及一個遺傳研究工具信息庫Addgene相集成。格羅斯期望Labguru用戶能與外部數(shù)據(jù)庫無縫對接，“目的是讓研究人員的日子盡可能的好過。”Labguru是針對生命科學實驗室開發(fā)的軟件，但也適用于其他領(lǐng)域；而耶魯大學化學家安德魯菲利普斯(rewPhillips)則偏好Contur軟件公司的產(chǎn)品iLabber。因為iLabber比較擅長處理化學領(lǐng)域中的一些事務(wù)，比如繪制分子結(jié)構(gòu)和計算預(yù)期產(chǎn)

7、出等。他說：“這些都是化學中的常識?！痹赟yapse公司，其軟件SyapseDiscovery正在經(jīng)受約45家美國實驗室的測試——該產(chǎn)品將iLabber的項目式結(jié)構(gòu)與Labguru能“感知”所加載的數(shù)據(jù)的語義技術(shù)相結(jié)合。例如，Syapse軟件能自動識別數(shù)據(jù)來自于哪個特定的實驗室設(shè)備，如微陣列或MRI(核磁共振成像)，并對其標以“時間”和其他適當?shù)臉祟}。對于其他數(shù)據(jù)，SyapseDiscovery有一個系統(tǒng)，可以讓研究人員迅速從一下拉列表

8、中選定標簽。在使用標簽的地方，研究人員可以通過軟件運行那些通常需要編碼技能的復(fù)雜任務(wù)：用戶可以要求它掃描多個實驗過程，并生成一張將所有結(jié)果結(jié)合在一種特定基因上的表格；或者在臨床設(shè)置中，研究人員會問實驗藥物是如何影響具有特定癥狀的患者群的。通過標簽，Syapse公司是想讓人具有訪問這類信息的能力，而不必去學習如何編程。所有這一切都預(yù)示著，未來的iPad和其他設(shè)備所做的遠遠不只是更換記事本。比如，肯特西斯僅列舉他的有關(guān)急性髓細胞白血病治療的

9、研究。然而，當他在BioData看到其重點關(guān)心的工作發(fā)生轉(zhuǎn)折時，才意識到一個關(guān)鍵的證據(jù)——耐藥性發(fā)展程度的其他結(jié)果——正在被忽略。工作可以用紙和筆來做，但BioData完成得更快?？咸匚魉拐f：“（在BioData中）我們會更容易地看到項目執(zhí)行的軌跡直至去研究更重要的問題?！睌?shù)字記事本還能幫助研究人員去探測與項目有關(guān)的一些相關(guān)問題，若是采用基于紙質(zhì)的記錄那就太花時間了。通過六個月的使用，舊金山加州大學干細胞生物學家阿爾沙那賽諾(Archa