環(huán)境污染物腈類降解微生物的密碼子分析.pdf

1、研究了腈類降解微生物基因最優(yōu)密碼子及其同義密碼子相對(duì)使用頻率，探討了不同腈類降解微生物最優(yōu)密碼子特定的相似與不同，并借助了統(tǒng)計(jì)方法對(duì)應(yīng)分析來探究密碼子使用變化的趨勢(shì)，為使用基因工程手段改進(jìn)腈類降解微生物降解腈類的效率及腈類微生物品系的識(shí)別提供指導(dǎo)和依據(jù)。放射性土壤農(nóng)桿菌K84(Agrobacterium radiobacter K84)染色體1的3744個(gè)基因，放射性土壤農(nóng)桿菌K84(Agrobacterium radiobacter

2、K84)染色體2的2363個(gè)基因，根癌土壤農(nóng)桿菌C58(Agrobacterium tumefaciens str.c58)環(huán)狀染色體的2765個(gè)基因，根癌土壤農(nóng)桿菌C58(Agrobacterium tumefaciens str.c58)線性染色體的1851個(gè)基因，睪丸酮叢毛單胞菌CNB-2(Comamonas testosteroni CNB-2)的4799個(gè)基因，Chelativorans sp。BNC1的4064個(gè)基因，熒光假

3、單胞菌(Pseudomonas fluorescens F113)的5862個(gè)基因，熒光假單胞菌Pf-5(Pseudomonas fluorescens Pf-5)的6108個(gè)基因，熒光假單胞菌Pf0-1(eseudomonas fluorescens Pf0-1)的5722個(gè)基因，熒光假單胞菌SBW25(Pseudomonas fluorescens SBW25)的5921個(gè)基因，惡臭假單胞菌F1(Pseudomonas putida

4、 F1)的5250個(gè)基因，惡臭假單胞菌GB-1(Pseudomonasputida GB-1)的5408個(gè)基因，惡臭假單胞菌KT2440(Pseudomonasputida KT2440)的5350個(gè)基因，惡臭假單胞菌S16(Pseudomonas putida S16)的5218個(gè)基因，惡臭假單胞菌W619(Pseudomonas putida W619)的5182個(gè)基因，馬紅球菌103S(Rhodococcus equi103S)的

5、4512個(gè)基因，紅平紅球菌PR4(Rhodococcuserythropolis PR4)的6030個(gè)基因，枯草芽孢桿菌BSn5(Bacillus subtilis BSn5)的4145個(gè)基因，枯草芽孢桿菌subsp.spizizenii TU-B-10(Bacillus subtilis subsp。spizizenii TU-B-10)的4297個(gè)基因，枯草芽孢桿菌subsp.spizizenii str.W23(Bacilluss

6、ubtilis subsp.spizizenii str.W23)的4062個(gè)基因，枯草芽孢桿菌subsp.subtilisRO-NN-1(Bacillus subtilis subsp.subtilis RO-NN-1)的4101個(gè)基因，枯草芽孢桿菌subsp.subtilis str.168(Bacillus subtilis subsp.subtilis str.168)的4176個(gè)基因，根瘤菌USDA110(Bradyrhizo

7、bium japonicum USDA110)的8317個(gè)基因作為原始的分析數(shù)據(jù)，取自NCBI(美國國立生物技術(shù)信息中心)。使用密碼子分析軟件對(duì)腈類降解微生物的最優(yōu)密碼子和同義密碼子使用頻率進(jìn)行了分析和統(tǒng)計(jì)計(jì)算，結(jié)果顯示所有的腈類降解微生物存在密碼子偏好性。在任一個(gè)被分析的腈類微生物中，僅僅只有少數(shù)的密碼子不存在最優(yōu)密碼子，大部分的氨基酸存在最優(yōu)密碼子?；谕x密碼子相對(duì)使用頻率的對(duì)應(yīng)分析顯示軸1和軸2是兩個(gè)主要的因素決定同義密碼子的使