青蝦ITS1序列SNP位點的篩選及其在雜交遺傳分析中的應用.pdf

1、青蝦，學名日本沼蝦，是我國重要的淡水養(yǎng)殖蝦類。SNP分子標記是繼RFLP和微衛(wèi)星標記之后最有發(fā)展前途的第三代分子標記技術，已在魚、蝦、蟹、貝等水產(chǎn)動物中得到了研究和應用，但迄今未見有關青蝦SNP標記篩選及其應用的報道。 本文在篩選合適擴增引物的基礎上，采用PCR產(chǎn)物直接測序法，分析青蝦rDNA基因內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)ITS1的DNA序列，以篩選青蝦SNP位點。共分析了32個太湖水域野生青蝦樣本，結(jié)果表明，青蝦ITS1序列平均長度為174

2、9.8 bp，是迄今已報道的最長的ITS1序列，A、G、T和C的平均含量分別為29.9％，28.3％、27.7％、14.0％，G+C的平均含量為42.3％。通過序列比對，共篩選出81個SNP位點，SNP位點出現(xiàn)頻率為0.0463，其中36個為C/T轉(zhuǎn)換(占44.44％)，25個為A/G轉(zhuǎn)換(占30.86％)，5個為A/T顛換(占6.17％)，8個為T/G顛換(占9.88％)，5個為A/C顛換(占6.17％)，1個為C/G顛換(占1.23

3、％)，1個A/T或C顛換(占1.23％)。青蝦ITS1序列的81個SNP位點中，80個位點為2個等位基因，1個位點出現(xiàn)了3個等位基因，為復等位基因位點；有22個SNP位點，其最少出現(xiàn)的等位基因在群體中的基因頻率等于或大于0.0625(即≥2/32)。此外，青蝦ITS1序列中還發(fā)現(xiàn)3個具有多態(tài)性的微衛(wèi)星位點、1個高度變異區(qū)以及大量的缺失、插入。本文首次對青蝦ITS1序列進行了分析，初步弄清了其序列特征，積累了青蝦遺傳背景知識，在此基礎上，

4、發(fā)現(xiàn)了大量的SNP位點，填補了青蝦SNP研究的空白，為青蝦遺傳育種研究提供了新的分子標記。 在篩選出青蝦SNP分子標記的基礎上，本文應用ITS1序列中的SNP位點對太湖青蝦、“選育青蝦”及其雜種進行了遺傳分析，本文共分析了27個個體，其中太湖青蝦、選育青蝦及雜種各9個個體，結(jié)果表明，雜種ITS1序列長度介于雙親之間，并且接近雙親的中間值；A、G、T和C的含量及G+C含量等平均值，三個群體沒有顯著差異。通過全部三個群體總計27個樣

5、本的ITS1序列比對，共發(fā)現(xiàn)86個SNP位點，SNP位點出現(xiàn)頻率為0.0489，其中83個位點為2個等位基因，3個位點出現(xiàn)了3個等位基因，為復等位基因位點。全部86個SNP中，67個SNP位點僅在三個群體(太湖青蝦、選育青蝦和雜種)中的一個群體出現(xiàn)，即在對應位點僅一個群體出現(xiàn)堿基多態(tài)性，其它兩個群體對應位點未出現(xiàn)堿基多態(tài)性；19個SNP位點在兩個群體或三個群體中出現(xiàn)，即在對應位點多于一個群體出現(xiàn)堿基多態(tài)性，其中7個為C/T轉(zhuǎn)換(占36.

6、84％)，4個為A/G轉(zhuǎn)換(占21.05％)，1個為A/T顛換(占5.260)，3個為T/G顛換(占15.79％)，1個為A/C顛換(占5.26％)，1個C/T或G顛換(占5.26％)，1個A/G或C顛換(占5.26％)，1個A/G或T顛換，(占5.26％)，可用于雜交遺傳分析；可用于雜交遺傳分析的19個SNP位點中，有13個屬于前期工作(第二章)篩選出的SNP，6個為新出現(xiàn)的SNP位點。青蝦ITS1序列中還出現(xiàn)了2個具有多態(tài)性的微衛(wèi)星

7、位點、1個高度變異區(qū)以及大量的缺失、插入。SNP位點683 bp(C/T)、1700 bp(A/G)僅在母本太湖青蝦和雜交蝦中出現(xiàn)，說明雜交蝦的這兩個SNP位點來自母本；1190 bp(T/G)、1673bp(C/T)、1765 bp(T/G)3個SNP位點僅在父本選育青蝦和雜交蝦中出現(xiàn)，說明雜交蝦的這3個SNP位點來自父本選育青蝦；父母本共有但雜種中未出現(xiàn)的SNP位點有2個，分別是A/T1046、和A/G/T1768，推測可能是小群體