蝦夷扇貝外套膜cDNA文庫(kù)構(gòu)建、EST測(cè)序分析及線粒體非編碼區(qū)多態(tài)性研究.pdf

1、蝦夷扇貝(Mizuhopecten(Patinopecten)yessoensis)屬軟體動(dòng)物門(Mollusa)，半鰓綱(Lamellibranchia)，翼形亞綱(Pterimorphia)，珍珠貝目(Pterioida)，扇貝科(Pectinidae)，蝦夷扇貝屬(Mizuhopecten)。20世紀(jì)80年代初，遼寧海洋水產(chǎn)科學(xué)研究院從日本青森縣陸奧灣引入中國(guó)，目前成為我國(guó)北方沿海重要的養(yǎng)殖品種。
　　 本研究構(gòu)建了蝦夷扇

2、貝外套膜全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)。對(duì)該文庫(kù)中隨機(jī)選取的960個(gè)克隆進(jìn)行5’端測(cè)序，獲得了923條有效EST序列。通過(guò)生物信息學(xué)的方法對(duì)這些序列進(jìn)行拼接后得到567條unigene，包含105個(gè)序列重疊群(contig)和462條singletons，計(jì)算序列的平均長(zhǎng)度為774 bp。
　　 利用BLASTX和BLASTN對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列進(jìn)行比對(duì)分析，發(fā)現(xiàn)存在明顯相似性的序列有267條，占總數(shù)的47.1％。將所有EST序列按其序列相似性功

3、能進(jìn)行分類(COG分類)后，157條unigene獲得了基因注釋，約占序列總數(shù)的27.7％。在已知的功能序列中，發(fā)現(xiàn)部分與機(jī)體防御相關(guān)的基因，如大防御素、G型溶菌酶、熱休克蛋白70、肽聚糖識(shí)別蛋白、Tisll蛋白、氧化酶與抗氧化酶類等。
　　 利用SSRIT軟件對(duì)蝦夷扇貝外套膜cDNA文庫(kù)的EST數(shù)據(jù)進(jìn)行微衛(wèi)星查找，發(fā)現(xiàn)62條含有微衛(wèi)星的EST序列，占EST總數(shù)的10.9％。兩堿基重復(fù)類型的微衛(wèi)星序列最多，共50條，占文庫(kù)中微衛(wèi)

4、星序列總數(shù)的80.6％，其中以(at)n重復(fù)最多(16條)。根據(jù)這些序列，設(shè)計(jì)了20對(duì)針對(duì)微衛(wèi)星的特異性引物。
　　 蝦夷扇貝mtDNA非編碼區(qū)2(NcR2)具有很高的序列變異性，利用這一特征，采用PCR產(chǎn)物直接測(cè)序法對(duì)大連獐子島(ZZD)、大連旅順口(LSK)、日本青森縣(QSX)及俄羅斯海森崴(HSW)4個(gè)群體的共40個(gè)蝦夷扇貝的線粒體NcR2序列進(jìn)行分析。測(cè)序得到14種單元型序列，其中ZZD群體中的單元型類型最多，群體的遺