大珠母貝微星DNA的分離篩選及其遺傳多樣性研究.pdf

1、大珠母貝主要分布于中國(guó)、印尼、澳大利亞等國(guó)的熱帶和亞熱帶海區(qū)，是生產(chǎn)海水珍珠的最大的貝類，具有極高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。本文采用生物素標(biāo)記的(CA)15探針和磁珠富集法構(gòu)建了大珠母貝的基因組微衛(wèi)星富集文庫(kù)，并設(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR篩選，獲得了10個(gè)多態(tài)位點(diǎn)。利用這10個(gè)多態(tài)位點(diǎn)，對(duì)海南三亞的養(yǎng)殖大珠母貝群體以及中國(guó)、印度尼西亞的大珠母貝養(yǎng)殖群體的遺傳多樣性和遺傳分化進(jìn)行了分析，目的是為大珠母貝的種質(zhì)資源保護(hù)和遺傳選育提供基礎(chǔ)資料。
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2、通過構(gòu)建的大珠母貝基因組微衛(wèi)星富集文庫(kù)中，共得到近2000個(gè)單克隆菌落，隨機(jī)挑選1200個(gè)克隆用探針引物(CA)15和載體引物進(jìn)行第2次篩選，獲得候選克隆298個(gè)。測(cè)序結(jié)果表明，微衛(wèi)星序列長(zhǎng)度范圍是101-787bp，其中211個(gè)含有251個(gè)微衛(wèi)星微衛(wèi)星結(jié)構(gòu)域。其中兩堿基(CA/GT)n重復(fù)序列有204個(gè)，占了絕大多數(shù)(81％)，此外還發(fā)現(xiàn)了AG、AT、GC、TC、CAA、AGG、GATA、GACA、GTGC、GACG等重復(fù)類型。在獲得

3、的251個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)中，完美型微衛(wèi)星159個(gè)，占63％;非完美型80個(gè)，占32％;復(fù)合型12個(gè)，占5％。用引物設(shè)計(jì)軟件primer5.0設(shè)計(jì)引物90對(duì)，合成30對(duì)，篩選出21對(duì)有效擴(kuò)增的引物，種群擴(kuò)增獲得10個(gè)多態(tài)位點(diǎn)。
　　 2.對(duì)我國(guó)海南三亞大珠母貝3個(gè)不同世代(2007、2009和2010)的養(yǎng)殖群體進(jìn)行PCR擴(kuò)增后發(fā)現(xiàn)：3個(gè)群體共90個(gè)個(gè)體(3×30)在10個(gè)多態(tài)位點(diǎn)共檢測(cè)出60個(gè)等位基因，每個(gè)位點(diǎn)等位基因數(shù)2-8個(gè)，平

4、均每個(gè)位點(diǎn)6個(gè)，3個(gè)群體在這60個(gè)等位基因中分別丟失了1個(gè)、2個(gè)和4個(gè)稀有等位基因。平均期望雜合度（He）分別為0.7179、0，6947、0.6795，平均觀測(cè)雜合度（Ho)分別為0.5333、0.4267、0.4833。平均多態(tài)信息含量PIC值分別為0.6399、0.6714、0.6295。Shannon多樣性指數(shù)平均值分別為1.4741、1.3798、1.3757。平均遺傳偏離指數(shù)D值均為負(fù)，表明群體中存在一定程度的雜合子缺失。H

5、ardy-Weinberg平衡卡方檢驗(yàn)，在所檢測(cè)的30個(gè)數(shù)據(jù)中（3個(gè)種群×10個(gè)位點(diǎn)），有18個(gè)偏離了遺傳平衡。兩兩群體間的平均近交系數(shù)介于0.2273-0.2601之間，表明群體內(nèi)的近交程度比較嚴(yán)重。兩兩群體間的平均遺傳分化指數(shù)介于0.0204-0.0462，遺傳分化顯著（P＜0.01）。上述結(jié)果表明，3個(gè)世代的群體遺傳多樣性水平已經(jīng)出現(xiàn)了逐漸降低的趨勢(shì)，近交程度增加，因此人工繁育工作中應(yīng)注意避免遺傳多樣性的降低。
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6、中國(guó)和印尼大珠母貝群體遺傳多樣性的分析表明：三亞群體和印尼群體的平均等位基因數(shù)分別是5.8和5.5；平均期望雜合度分別是0.6947和0.6624;平均觀測(cè)雜合度分別是0.4267和0.4300;平均Shannon多樣性指數(shù)分別是1.3798和1.3354;平均多態(tài)信息含量PIC值分別是0.6399和0.6111.，表明兩個(gè)群體的遺傳多樣性水平都比較高。顯著性檢驗(yàn)表明，三亞群體的遺傳多樣性水平高于印尼群體（P＜0.01）。Hardy-W