六倍體小麥全基因組SSR普查及分子標記的開發(fā)與評價.pdf

1、六倍體普通小麥（Triticum aestivum）作為通過異源多倍化過程形成的最典型物種之一，具有重要的農業(yè)地位。六倍體小麥的三個二倍體祖先中的兩個已經得到確認:烏拉爾圖小麥Triticum urartu和粗山羊草Aegilops tauschii，但B基因組的起源仍存在爭議。微衛(wèi)星重復序列是植物基因組的重要組成部分，分布在整個基因組中。最初被認為是“垃圾DNA”，而最近的研究已經證明他們可以在影響基因活動、染色質組織變化和DNA代謝

2、過程中發(fā)揮關鍵的作用。除了它們的直接生物功能，微衛(wèi)星已經被證明是高可變共顯性標記的豐富來源，因為它們經歷了高速率的單堿基插入和缺失突變。在過去15年，微衛(wèi)星標記廣泛用于許多研究領域，如數量性狀位點(QTL)作圖，遺傳多樣性研究，標記輔助選擇和進化研究。
　　本研究利用最新版本的六倍體普通小麥survey序列和已測序的其他禾本科物種序列，利用MISA軟件尋找SSR位點，普查禾本科物種SSR的分布豐度情況，并利用Primer5.0合成

3、小麥SSR maker，通過電子PCR進行模擬擴增，根據擴增結果分析小麥近緣種之間的進化關系;篩選合成的小麥SSR maker中的特異引物，分析其在小麥不同品種間的多態(tài)性及在近緣種間的可轉導性，并隨機挑選合成21對引物進行驗證。得到以下結果:
　　(1)17個測序的物種（14種禾本科植物和另外三個物種）中，共有4，763，266個SSR位點被檢測到，平均分布頻率為126.83個/Mb，其中8個Triticeae物種的SSR特征相似

4、。
　　(2)Aegilops tauschii是與六倍體小麥親緣關系最接近的物種，其次分別是Triticum urartu,Triticum turgidum和Aegilops speltoides，而Triticum monococcum,Aegilops sharonensis和Hordeum vulgare顯示出相對較低的PCR擴增效率。
　　(3)六倍體小麥亞基因組內序列的相似度高于同源染色體相互之間的序列相似性。