半滑舌鰨(Cynoglossus semilaevis)基因組SNP標記的開發(fā)與檢測.pdf

1、半滑舌鰨(Cynoglossus semilaevis)是我國重要的海水養(yǎng)殖魚類,其主要經濟性狀多數屬于數量性狀(QTL),受到眾多基因控制,擁有復雜的遺傳機制,建立高密度的遺傳圖譜是精確定位這些QTL以進行選擇育種的必要條件。單核苷酸多態(tài)性(Single Nuclcotidc Polymorphism,SNP)標記的出現,很好地解決了這一問題,SNP在基因組中的分布非常廣泛,密度高,并且易于自動化分析,非常適合于建立遺傳圖譜,進行精確

2、的QTL定位。但在半滑舌鰨中,SNP應用研究起步較晚,缺乏足夠的SNP位點來構建遺傳圖譜或進行關聯分析。本研究以半滑舌鰨為研究材料,探討了半滑舌鰨SNP標記的開發(fā)及檢測。
　　 以本實驗室構建的半滑舌鰨雌魚fosmid基因組文庫部分克隆的雙末端測序結果為基礎,對52段半滑舌鰨基因組DNA序列進行PCR-SSCP分析,檢測結果發(fā)現24段序列具有SSCP多態(tài)性,通過對多態(tài)性產物測序得到115個SNP位點,SNP頻率為0.74％,其中

3、包括轉換型SNP 79個、顛換型SNP 36個,并未發(fā)現三態(tài)和四態(tài)SNP位點。
　　 根據SNP位點設計引物,通過半巢式的等位基因特異性聚合酶鏈式反應(AS-PCR)檢測和驗證,結果共有-17組引物得到了良好的分型結果。PCR產物經膠回收測序,測序結果表明,分型結果與測序分析結果完全一致。使用所有17組引物對野生半滑舌鰨群體進行AS-PCR分型檢測,預期雜合度分布區(qū)間為0.097～0.508,觀測雜合度分布區(qū)間為0.033～0.