基于RNA--Seq的陽春砂果實發(fā)育過程中糖和萜類代謝的研究.pdf

1、廣州中醫(yī)藥大學學位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：所呈交的學位論文，是個人在導師的指導下，獨立進行研究工作所取得的成果。除文中已經(jīng)特別加以注明引用的內(nèi)容外，本論文不含任何其他個人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的作品成果。對本文的研究做出重要貢獻的個人和集體，均已在文中以明確方式標明并致謝。本人完全意識到本聲明的法律結(jié)果由本人承擔。學位論文作者簽名主垂豇El期：加l牛年歲月弓。日關(guān)于學位論文使用授權(quán)的聲明本人完全了解廣州中醫(yī)藥大學有關(guān)保留使用學位論文

2、的規(guī)定，同意學校保留或向國家有關(guān)部門機構(gòu)送交論文的復印件和電子版，允許被查閱和借閱。本人授權(quán)廣州中醫(yī)藥大學可以將本學位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫進行檢索，可以采用影印、縮印或其他復印手段保存和匯編本學位論文。(保密論文在解密后應遵守此規(guī)定)論文作者簽名童遣＆論文導師簽名日期：20l牛年了月30B22陽春砂不同發(fā)育期果實的表達譜分析及糖和萜類代謝相關(guān)差異表達基因的篩選對3個不同發(fā)育時期(幼果期、成熟中期、成熟末期)的果實進行RNA

3、Seq表達譜測序，篩選出差異表達基因后，進行表達趨勢分析。重點分析與糖代謝、萜類代謝以及轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的差異表達基因，并選擇部分差異表達基因進行qPCR驗證。提取陽春砂果實不同發(fā)育期、不同部位(果皮和種子團)總RNA，反轉(zhuǎn)錄為cDNA。選擇糖和萜類代謝中的部分差異表達基因的unigenes作為目的基因，設計并合成引物，qPCR檢測基因相對表達量，并結(jié)合表達譜數(shù)據(jù)進行分析。23不同發(fā)育時期陽春砂果實糖及萜類代謝研究將3個不同發(fā)育時期的果實分

4、為果皮和種子團，分別用乙醇、酶提取緩沖液提取可溶性糖和粗酶，HPLC法測定可溶性糖含量，紫外分光光度法測定酶活性。石油醚微波萃取法提取揮發(fā)性萜類，通過GC／MS測定揮發(fā)性萜類的含量。3結(jié)果31陽春砂轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘通過高通量RNASeq測序獲得了陽春砂全轉(zhuǎn)錄本信息，共得到144，020個unigenes序列。對unigenes進行基因功能注釋，通過COG功能分類，26，303個unigenes歸到25個功能類別。通過GO數(shù)據(jù)庫注釋，31，

5、978個unigenes被歸類到44個功能類別中，其中歸類到代謝過程的unigenes有14，456個。通過KEGG代謝通路分析，將21，254個unigenes分為270類，淀粉和蔗糖代謝通路相關(guān)的unigenes有567個，萜類骨架生物合成途徑的unigenes有154個。搜索到了12，715個SSR位點，其中重復次數(shù)最多是三核苷酸重復。通過構(gòu)建分子進化樹，對陽春砂的HMGR、DXR和DXS的多個unigenes進行了分類和功能預測

6、。單萜合成途徑中除了月桂烯／羅勒烯合酶(myrcene／ocimenesynthase)注釋到KEGG通路外，還挖掘出了3個單萜合酶、2個倍半萜合酶可能的unigenes。32陽春砂不同發(fā)育期果實的表達譜分析以及糖和萜類代謝相關(guān)差異表達基因的篩選對陽春砂幼果、成熟中期果實、成熟末期果實進行表達譜測序，篩選出3個發(fā)育期的差異表達基因22，483個。通過STEM軟件分析得到了3個顯著變化的差異表達趨勢，分別為先上升后不變、持續(xù)上升和持續(xù)降低