水稻瘤矮病毒部分基因組片段的克隆及序列分析.pdf

1、該文完成了水稻瘤矮病毒(Rice gall dwarfvirus,RGDV)中國廣東信宜分離物(RGDV-C)部分基因組片段的克隆及其全序列測定,并首次報道了S12片段的全序列.根據(jù)水稻瘤矮病毒泰國分離物(RGDV-T)的末端及保守序列設計引物,利用RT-PCR技術,以RGDV-C基因組dsRNA為模板,擴增獲得RGDV-C的S2(AY556484)、S3(AY559408)、S8(AY216767)、S9(AY556483)、S10(

2、AY559406)和S11(為AY559407)的全序列.序列比較表明RGDV-C與RGDV-T相應片段的核苷酸和氨基酸同源性分別為91.9％-98.1％和96.6％-98.7％,它們之間核苷酸變異主要是同類堿基的轉換,即G-A或C-T;而且大多數(shù)變異發(fā)生在密碼子的第三位堿基上,不引起蛋白質水平上的變化.在氨基酸水平上,也多是同類氨基酸的替代,僅有RGDV-C S11片段編碼的aa211處存在一個Leu卻失.RGDV-C與RGDV-T相

3、應片段的GC含量、編碼區(qū)和非編碼區(qū)的長度、末端保守序列、基因組片段特異反向重復序列等基因組組織結構上基本一致;進一步以其編碼的外層衣殼蛋白在同屬內作系統(tǒng)進化以及病毒粒體被嚴格限制于薄壁細胞、致瘤特性分析顯示,RGDV與WTV比RGDV與RDV具有更大的相似性.在完成RGDV-C已知基因組片段同源克隆的基礎上,采用了一種克隆dsRNA病毒未知基因組片段的新方法——單引物擴增技術,首次克隆了RGDV基因組S12片段,并測定了全序列.這是國際

4、上首次報道RGDV S12片段的全序列.最后,結合多種軟件對以上序列進行生物信息學分析.在保守結構域分析時表明,植物呼腸孤病毒屬中,S8片段編碼的主要外層衣殼蛋白具有相同的保守結構域;RGDV S10片段編碼的36kDa蛋白,RDV S9片段編碼的Pns9蛋白,WTV S11片段編碼的P9蛋白也具有相同的保守結構域;RGDV S11片段編碼的Pns11蛋白(40kDa)與WTV、RDV S10片段編碼的Pns11、Pns10等非結構蛋白