禽冠狀病毒分離鑒定及相關(guān)結(jié)構(gòu)基因遺傳變異分析.pdf

1、為深入了解上海地區(qū)禽冠狀病毒的遺傳變異規(guī)律和流行趨勢,為該病的防治提供理論依據(jù),進(jìn)行了本研究,內(nèi)容包括: （1）對送檢的多份禽類臟器組織和氣管棉拭子樣品進(jìn)行了病毒分離與鑒定,通過形態(tài)學(xué)觀察、動物回歸試驗、雞胚接種試驗、血凝特性試驗和套式RT-PCR鑒定等方法共分離到5株冠狀病毒。其中從肉雞樣品中分離到4株病毒（分別命名SH1、SH2、SH3、SH4）,肉鴿樣品中分離到1株病毒(命名為PSH)。 （2）參照已公開發(fā)表的雞傳

2、染性支氣管炎病毒(IBV) S1基因序列,設(shè)計并合成1對特異性引物,對4株IBV分離株的S1基因進(jìn)行RT－PCR法擴(kuò)增、克隆和序列測定分析。結(jié)果表明：SH1 S1基因由1635個核苷酸組成，編碼544個氨基酸；SH2 S1基因由1626個核苷酸組成，編碼541個氨基酸；SH3 S1基因由1614個核苷酸組成，編碼537個氨基酸；SH4 S1基因由1626個核苷酸組成，編碼541個氨基酸。它們與常用IBV疫苗株和其它血清型代表株相應(yīng)基因序

3、列與推導(dǎo)氨基酸序列的分子進(jìn)化關(guān)系分析表明：SH1 S1基因序列同源性在79.2％～81.9％，氨基酸同源性在75.1％～79.9％;SH2分別為78.2％～82.4％和75.4％～79.6％;SH3分別為77.4％～82.9％和74.7％～82.6％; SH4分別為77.9％～82.1％和74.7％～79.3％; （3）參照已公開發(fā)表的IBV S、M、N主要結(jié)構(gòu)基因序列,設(shè)計并合成5對特異性引物,鴿源冠狀病毒PSH 主要結(jié)構(gòu)基因

4、進(jìn)行RT－PCR法擴(kuò)增、克隆和序列測定分析。結(jié)果表明：該病毒纖突蛋白基因（S）開放閱讀框（ORF）由3504個核苷酸組成，編碼1167個氨基酸殘基組成的多肽，共有31個潛在的N-糖基化位點(diǎn)，與二硫鍵形成有關(guān)的半胱氨酸殘基數(shù)量為35個。M基因全序列共有681bp的核苷酸片段，其中A、T、G、C所占百分比分別是28.65％、22.32％、18.21％、30.84％，G+C％含量為40.53％,共編碼226個氨基酸，有2個潛在的N-端糖基化，

5、與二硫鍵形成有關(guān)的半胱氨酸殘基數(shù)量為9個。N基因經(jīng)測序得到大小為1275bp的核苷酸片段,包含了核蛋白基因完整閱讀框,其中編碼區(qū)為1230個核苷酸,編碼409個氨基酸, 其中賴氨酸(Lys)占所有氨基酸殘基的9.54 ％(39/409);絲氨酸(Ser)占8.31％ (34/409);精氨酸(Arg)占7.82％ (32/409),遠(yuǎn)高于其他氨基酸殘基含量。 將PSH主要結(jié)構(gòu)基因序列與GenBank中公開發(fā)表的其它冠狀病毒代表