DNA計(jì)算中編碼序列的設(shè)計(jì)與理論研究.pdf

1、所謂DNA計(jì)算，主要是通過DNA分子之間的特異性雜交來完成的。具體過程是將信息通過編碼形成DNA串進(jìn)行輸入，并在試管內(nèi)經(jīng)過生物化學(xué)反應(yīng)，這樣就能從反應(yīng)后的溶液中得到需要的解。因此，編碼問題的研究是DNA計(jì)算的首要問題，它的好壞會(huì)關(guān)系到DNA計(jì)算得成功與否及DNA計(jì)算的效率。就目前來說，雖然DNA計(jì)算模型種類繁多，但是還沒有一種編碼能同時(shí)滿足不同模型的需要，因此就很需要借助現(xiàn)代技術(shù)手段，如計(jì)算機(jī)輔助生物軟件，從而最大限度保障實(shí)現(xiàn)的可能性。

2、
　　 雖然目前DNA計(jì)算中編碼問題的研究已取得了一些進(jìn)展，可以在一定程度上克服生化反應(yīng)中的不確定性，避免假陽性與假陰性解的出現(xiàn)，但是研究的深度和廣度都還有所欠缺。在理論研究的深度方面，所有的單獨(dú)約束條件下的碼的界的還沒有給出完整的具體的數(shù)值，比如A4(n，d)等，目前當(dāng)n值較小時(shí)，可以得到一些碼的準(zhǔn)確值，但當(dāng)n值增大時(shí)，準(zhǔn)確值的取值范圍迅速擴(kuò)大，使得確定其具體的值變得困難。在理論研究的廣度方面，目前對組合約束下的碼的界的研究大

3、多數(shù)還停留在對下屆的提高上，即使當(dāng)n值較小時(shí)，也沒給出具體的數(shù)值，只是給出一些粗糙的上、下界，并且對組合約束下的碼的界的理論研究也不全，很多組合條件的界目前還沒有深入研究，比如A4(n，d)+A4RC(n，d)+A4C(n，d)等，但是這些組合條件在實(shí)際中卻是必須被考慮進(jìn)去的。
　　 本文是在充分掌握DNA分子結(jié)構(gòu)與性質(zhì)、DNA計(jì)算的生物機(jī)理和數(shù)學(xué)機(jī)理、DNA計(jì)算設(shè)計(jì)的生化實(shí)驗(yàn)操作以及相關(guān)的生物酶的基礎(chǔ)上，充分利用DNA分子的生