多叉系統(tǒng)發(fā)生樹最大一致森林問題的研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、求解2個給定的系統(tǒng)發(fā)生樹的最大一致森林問題在計算生物學上是一個非常重要的Np-難問題。系統(tǒng)發(fā)生樹包括了有根和無根2種情況。本文主要研究無根多叉系統(tǒng)發(fā)生樹。生物方面:最近在生物和進化領(lǐng)域的研究文獻表明經(jīng)典的樹搜索算法（例如:NNI算法）當在多叉的情況下會遇到不能解決的問題。另外，生物文獻在2006年提出計算無根多叉系統(tǒng)發(fā)生樹的SPR距離，它的問題復雜性仍然是開放的。理論方面:無根多叉系統(tǒng)發(fā)生樹是否可以固定參數(shù)可解被Hallett和McCa

2、rtin在2007年作為開放問題而提出，隨后Whidden等在2011年再次提出求解無根和有根多叉系統(tǒng)發(fā)生樹是開放問題。
　　 本文對多叉系統(tǒng)發(fā)生樹中出現(xiàn)的新特征結(jié)構(gòu)即星形quartet進行了研究。通過將2叉系統(tǒng)發(fā)生樹中的蝴蝶quartet和星形quartet共同進行研究。最終，將Hallett和McCartin只針對2叉系統(tǒng)發(fā)生樹所提出的最小不兼容quartet結(jié)構(gòu)推廣到了一般情況即多叉系統(tǒng)發(fā)生樹上，并且對擴展后產(chǎn)生的新問題進

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