氧化葡萄糖酸桿菌基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建.pdf

1、基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)的的構(gòu)建和分析對于研究生物體的系統(tǒng)代謝行為和指導(dǎo)代謝工程優(yōu)化菌種都具有很重要的意義。
　　氧化葡萄糖酸桿菌是一種得到廣泛應(yīng)用的工業(yè)生產(chǎn)菌株，其特點在于能快速糖類、醇類不完全氧化成相應(yīng)的糖酸、醛、酮和酸等。能夠用于生產(chǎn)二羥基丙酮、維生素C、米格列醇等多種產(chǎn)品。然而對氧化葡萄糖酸桿菌菌體的代謝還缺乏系統(tǒng)性的認識，阻礙了對它的進一步應(yīng)用。所以構(gòu)建氧化葡萄糖酸桿菌的基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)無論在理論研究還是實際應(yīng)用上都有很重大

2、的意義。
　　按照基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)的常用構(gòu)建方法，本文構(gòu)建了氧化葡萄糖酸桿菌的基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)iXW433，包括985個代謝物、859個代謝反應(yīng)、433個ORFs和408個酶，全部代謝反應(yīng)可以分類于5個代謝子系統(tǒng)共84條代謝途徑。該模型在模擬低濃度甘油下的生長速率結(jié)果與相關(guān)實驗值吻合度良好，模型具有良好的可信度。
　　利用Pajek繪制iXW433的拓撲結(jié)構(gòu)圖，該網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)圖包括896個節(jié)點和1223條連接線。通過連接度分