蛋白質(zhì)-肽段全柔性對(duì)接的并行計(jì)算研究.pdf

1、本文對(duì)蛋白質(zhì)-肽段全柔性對(duì)接的并行計(jì)算進(jìn)行了研究。蛋白質(zhì)-肽段復(fù)合物相關(guān)的結(jié)構(gòu)信息對(duì)于新藥的研制和設(shè)計(jì)有非常重要的作用。蛋白質(zhì)和肽段的計(jì)算對(duì)接方法可以為用實(shí)驗(yàn)方法探究蛋白質(zhì)-肽段交互作用做補(bǔ)充。現(xiàn)實(shí)世界中,蛋白質(zhì)-肽段對(duì)接過(guò)程包含三個(gè)并行的過(guò)程:從頭折疊肽段,肽段與受體的對(duì)接和靠近肽段的一些受體柔性區(qū)域的優(yōu)化。一些現(xiàn)有的計(jì)算方法已經(jīng)被用在這幾個(gè)過(guò)程中自由度的采樣,但這些方法通常都是以順序的機(jī)制觸發(fā)運(yùn)行。蛋白質(zhì)-肽段對(duì)接時(shí)受體的骨架柔性問(wèn)

2、題一直以來(lái)都是計(jì)算生物學(xué)中的一個(gè)挑戰(zhàn)。目前,絕大多數(shù)的對(duì)接都是一種半柔性對(duì)接方法,然而真實(shí)的對(duì)接過(guò)程中受體也會(huì)產(chǎn)生構(gòu)象變化,包括側(cè)鏈運(yùn)動(dòng)、骨架運(yùn)動(dòng)或其它突變。本文先引入一種柔性對(duì)接方法,該方法顯式地把受體界面處的柔性區(qū)域融入到蛋白質(zhì)-肽段的對(duì)接過(guò)程中。隨后,本文又提出了一種并行化的方法,這個(gè)方法將受體柔性區(qū)域的優(yōu)化并行結(jié)合到蛋白質(zhì)-肽段的對(duì)接過(guò)程中,并將主要的三個(gè)過(guò)程并行化。并行化的對(duì)接方式能夠更好地模擬真實(shí)的蛋白質(zhì)-肽段對(duì)接過(guò)程。文使