捷蜥蜴線粒體基因組及有鱗目系統(tǒng)發(fā)育研究.pdf

1、捷蜥蜴（Lacerta agilis）隸屬于爬行綱(Reptilia)、有鱗目(Squamata)、蜥蜴科(Lacertidae)動物，廣泛分布在歐、亞、非洲，國內(nèi)主要分布于新疆。該物種已經(jīng)被收錄到《國家保護的有益的或者有重要經(jīng)濟、科學(xué)研究價值的陸生野生動物名錄》。
　　本文利用PCR和長片段PCR方法對捷蜥蜴線粒體基因組全序列及其核基因c-mos序列進行了擴增和測序。從GenBank中下載39個有鱗目物種的線粒體16Sr RNA

2、和核基因c-mos序列，以奧利諾科鱷（Crocodylus intermedius）和非洲侏儒鱷（Osteolaemus tetraspis）為外群，以16S rRNA基因序列及16S rRNA+c-mos基因聯(lián)合序列為分子標(biāo)記，并且運用軟件MrBayes3.0b4和PAUP4.0分別使用貝葉斯推斷法和最大似然法構(gòu)建了有鱗目的BI（Bayesian Inference，BI）和ML(Maximum Likelihood，ML)系統(tǒng)發(fā)育樹

3、。所得主要內(nèi)容和結(jié)論如下:
　　1.捷蜥蜴線粒體基因組全長17，090bp，包括13個編碼蛋白基因(ATP6，ATP8，COⅠ-Ⅲ，ND1-6，ND4L，Cytb)、22個tRNA基因、2個核糖體rRNA基因（16S rRNA和12S rRNA基因）以及1個主要的非編碼控制區(qū)（D-Loop控制區(qū)）。另外，其輕鏈復(fù)制起始點(OL)可形成莖環(huán)(stem-loop)結(jié)構(gòu)。每個基因都沒有出現(xiàn)基因重排的現(xiàn)象，而且它們在位置上、順序上和方向上

4、都與大多數(shù)報道過的有鱗目的多數(shù)物種相同。捷蜥蜴線粒體基因組堿基組成具有明顯的A+T偏向性，總A+T含量所占百分比為60.3％，明顯比G+C含量高。另外，捷蜥蜴線粒體基因組堿基表現(xiàn)出負GC偏斜值(-0.330)及正AT偏斜值(0.038)。
　　2.捷蜥蜴線粒體基因組13個蛋白質(zhì)編碼基因中，ND1以ATT為起始密碼子，COⅠ、COⅡ、ND63個基因以GTG為起始密碼子，其余都以ATG為起始密碼子。ND1、ATP8、ND4L、ND5、

5、ND6、Cytb6個基因以完全的TAA行使終止密碼子功能，COⅠ和ND2則分別以AGG和TAG為終止密碼子，ATP6以不完全的TA作為終止密碼子，COⅡ、COⅢ、ND3、ND44個基因的終止密碼子為不完全T。
　　3.捷蜥蜴線粒體基因組的22個tRNA基因中，除tRNASer(AGY)缺失T臂，其余21個tRNA基因的二級結(jié)構(gòu)均呈典型的三葉草結(jié)構(gòu)。
　　4.捷蜥蜴的非編碼D-loop區(qū)域位于tRNA-Pro基因和tRNA-P

6、he基因之間，長度是1，688bp，A+T含量為65.9％，高于捷蜥蜴線粒體基因組全序列A+T含量的平均水平。在捷蜥蜴的非編碼區(qū)存在一些特殊序列:5'端有3個終止相關(guān)序列:TAS1:5'-ACATTATCCTATT-3'，TAS2:5'-ACATAATACATA-3'，TAS3:5'-ACATAATACATA-3'，3'端也有3個的保守序列:CSB-1:5'-ATTGTCTTAATGCTTGGTAGACATA-3'，CSB-2::5'-

7、CAAACCCCCCTACCCCC-3',CSB-3:5'-TCGCCAACCCCTAAAACGA-3'。
　　5.基于39個物種（不包括外群）16SrRNA基因和16SrRNA+c-mos基因兩個數(shù)據(jù)集分別構(gòu)建了有鱗目的BI和ML系統(tǒng)發(fā)育樹。結(jié)果表明:得到的4棵系統(tǒng)發(fā)育樹拓撲結(jié)構(gòu)基本一致，6個亞目都表現(xiàn)出良好的單系性，鬣蜥亞目與蛇蜥亞目形成姐妹支后，與壁虎亞目聚為一支;然后與蛇亞目相聚;接著再與蚓蜥亞目和蜥蜴亞目相聚。6個亞目的