廣義多樣性增量結(jié)合關(guān)鍵位點(diǎn)對(duì)核小體定位預(yù)測(cè)作用的研究.pdf

1、研究核小體在基因組上精確位置的定位，對(duì)于深入理解多種生物學(xué)過(guò)程具有十分重要的意義?；谝延械暮Ａ繉?shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，結(jié)合數(shù)理統(tǒng)計(jì)和機(jī)器學(xué)習(xí)方法，發(fā)展核小體的預(yù)測(cè)模型，是當(dāng)下生物信息學(xué)的熱點(diǎn)研究領(lǐng)域。核小體定位理論雖然取得了一定進(jìn)展，但是依然無(wú)法精準(zhǔn)確定核小體的位置。我們需要進(jìn)一步借助于實(shí)驗(yàn)手段，提高核小體定位的精確度。
　　論文提出了廣義多樣性增量及關(guān)鍵位點(diǎn)算法，并圍繞廣義多樣性增量、關(guān)鍵位點(diǎn)結(jié)合支持向量機(jī)提出了DNA的預(yù)測(cè)模型。主要研究?jī)?nèi)

2、容如下:
　　(1)提出核心DNA中關(guān)鍵位點(diǎn)的概念，并基于核心DNA中的k-mer頻數(shù)信息，結(jié)合支持向量機(jī)，提出了基于關(guān)鍵位點(diǎn)的核小體定位模型。模型對(duì)酵母核心DNA和連接DNA進(jìn)行了分類預(yù)測(cè)，關(guān)鍵位點(diǎn)結(jié)合ID-SVM模型預(yù)測(cè)準(zhǔn)確度達(dá)到了72.56％。
　　(2)在多樣性增量的基礎(chǔ)上提出了廣義多樣性增量，并結(jié)合核心DNA中k-mer頻率信息，提出了廣義多樣性增量結(jié)合關(guān)鍵位點(diǎn)的核小體定位預(yù)測(cè)模型。模型對(duì)酵母核心DNA和連接DNA

3、序列進(jìn)行分類預(yù)測(cè)，實(shí)驗(yàn)表明該模型具有良好的預(yù)測(cè)效果，gID-SVM預(yù)測(cè)準(zhǔn)確度達(dá)到了85.35％，關(guān)鍵位點(diǎn)結(jié)合gID-SVM模型預(yù)測(cè)準(zhǔn)確度達(dá)到了82.53％。
　　(3)將預(yù)測(cè)模型應(yīng)用于其他物種中，結(jié)合關(guān)鍵位點(diǎn)和廣義多樣性增量對(duì)雞類的親和度高的DNA序列和親和度低的DNA進(jìn)行了預(yù)測(cè)，實(shí)驗(yàn)的預(yù)測(cè)結(jié)果良好，關(guān)鍵位點(diǎn)結(jié)合ID-SVM模型準(zhǔn)確率為89.03％，gID-SVM預(yù)測(cè)準(zhǔn)確度為93.13％，關(guān)鍵位點(diǎn)結(jié)合gID-SVM模型預(yù)測(cè)準(zhǔn)確度為