三種豆科作物菜豆普通花葉病毒分離物的分子鑒定及全基因組序列測定和分析.pdf

1、中國是全世界豆類的主產(chǎn)國之一，豆類在我國的種植量僅次于禾本科植物位居第二。大豆、扁豆、綠豆在山東省是普遍種植，山東省更是豆類的生產(chǎn)大省。
　　 在侵染豆類作物的病毒中，以菜豆普通花葉病毒(Bean common mosaic virus，BCMV)的發(fā)生尤為嚴(yán)重。BCMV為馬鈴薯Y病毒屬成員，在世界上很多地方均有發(fā)生。本研究在山東泰安地區(qū)采集有疑似BCMV癥狀的大豆、扁豆、綠豆葉片，根據(jù)GenBank已登記的全序列設(shè)計合成引物，

2、擴增其全基因組序列。
　　 本研究擴增得到BCMV大豆、扁豆、綠豆分離物的全基因組序列，將BCMV大豆、扁豆、綠豆分離物的全基因組核酸序列及外殼蛋白的氨基酸序列與相關(guān)的其他BCMV分離物的序列相比較并建立系統(tǒng)進化樹，發(fā)現(xiàn)BCMV大豆、扁豆、綠豆分離物分屬不同組，大豆分離物與黑眼豇豆株系歸為一組，扁豆分離物處于BCMV的花生條紋病毒株系(Peanut stripe virus，PStV)與BCMV的其他株系之間，綠豆分離物與普通菜

3、豆分離物的BCMV株系最為接近。根據(jù)MegAlign軟件分析結(jié)果，BCMV的大豆分離物(BCMV-SB)、扁豆分離物(BCMV-HB)、綠豆分離物(BCMV-MB)與其他分離物的全基因組氨基酸序列一致率為86.3％～97.2％、85.3％～91.5％、88.3％～93.7％，其核苷酸一致率分別為:78.7％～95.6％、74％～83.6％、78.9％～89.2％，BCMV-SB/BCMV-HB、BCMV-SB/BCMV-MB、BCMV-

4、HB/BCMV-MB分離物之間的一致率分別為82.6％，83.8％、83.4％。BCMV-SB、BCMV-HB、BCMV-MB的CP序列與本研究中所用的BCMV其他序列的氨基酸一致率分別為90.9％～99.7％、89.9％～93.7％及89.9％～95.1％, BCMV-SB/BCMV-HB、 BCMV-SB/BCMV-MB、BCMV-HB/BCMV-MB分離物之間的一致率分別為91.3％、93％、89.5％。BCMV-SB、BCMV-

5、HB、BCMV-MB的CP序列與本研究中所用的BCMV其他序列的核苷酸一致率分別為84.8％～98.4％、83.7％～89.9％、85.9％～92.9％,BCMV-SB/BCMV-HB、BCMV-SB/BCMV-MB、BCMV-HB/BCMV-MB分離物之間的一致率分別為89.8％、89.8％、87.4％。分析結(jié)果表明，BCMV-HB、BCMV-MB是BCMV的新株系，BCMV-SB則歸入BCMV的黑眼豇豆株系。
　　 通過與B

6、CMV的其他分離物全序列相比較，在BCMV-SB、BCMV-HB、BCMV-MB均有重組現(xiàn)象發(fā)生。通過使用RDP4.0與Simplot3.5.1軟件檢測，BCMV-SB在P1基因中有兩個重組位點（P值小于10-13），約位于597 nt和1036nt，潛在的重組本為BCMV-Y和B1CMV，通過建立系統(tǒng)進化樹，分析表明在5'-UTR～596 nt和1037～3'-UTR區(qū)域BCMV-SB均靠近B1CMV，而在597 nt～1036 nt

7、區(qū)域，BCMV-SB則與BCMV-Y處于同一分支上;利用重組軟件分析BCMV-HB時同樣檢出可能的基因重組（P值小于10-5），重組點約位于8033 nt和8616 nt，位于NIb基因，重組本為PStV的Ts株系和B1CMV，在5'-UTR～8032 nt和8617～3'-UTR區(qū)域BCMV-HB均靠近PStV的Ts株系，而在8033 nt～8616 nt區(qū)域，BCMV-HB則與B1CMV處于同一分支上;利用重組軟件分析BCMV-MB

8、時同樣檢出明顯的基因重組現(xiàn)象(P值小于10-15)，重組點約位于2285nt、3358nt、5350 nt，分別位于HC-Pro、P3和CI基因，重組本為BCMV-Y和BCMV-NL1。在5'-UTR～2285 nt及3359～5350 nt區(qū)域，BCMV-MB均與BCMV-Y株系一致性最大，在系統(tǒng)進化樹的樹形上也最為靠近。在2286～3358 nt及5351～3'-UTR區(qū)域，BCMV-MB與BCMV-NL1具有最高的一致率，在系統(tǒng)進