林麝、馬麝SRY基因的克隆與編碼蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)、功能預(yù)測(cè)及其在系統(tǒng)進(jìn)化分析中的應(yīng)用.pdf

1、根據(jù)已報(bào)道的偶蹄目動(dòng)物并參照人和狗SRY基因堿基序列設(shè)計(jì)一對(duì)簡(jiǎn)并引物,以林麝(Moschus berezovskii)及馬麝(Moschus chrysogaster)基因組DNA為模板,通過(guò)PCR分別擴(kuò)增出SRY基因HMG-box及其CDS區(qū).克隆的林麝及馬麝SRY基因片段經(jīng)測(cè)序,其長(zhǎng)度分別為187bp和684bp.根據(jù)得到的林麝及馬麝SRY基因CDS區(qū)核苷酸序列翻譯成氨基酸序列,對(duì)這段編碼氨基酸序列進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)在林麝及馬麝兩個(gè)種間

2、比較,HMG-box區(qū)存在較高的異義突變,提示其受到一定程度種特異性的適應(yīng)選擇(正選擇).CDS區(qū)4個(gè)異義突變就有3個(gè)發(fā)生在HMG-box區(qū)域,該區(qū)域異義突變遠(yuǎn)高于其側(cè)翼序列,這是值得重視的.對(duì)SRY基因編碼蛋白質(zhì)進(jìn)行了一級(jí)結(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)構(gòu)分析和三維空間構(gòu)象的預(yù)測(cè).將其與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中人及小鼠的SRY蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)對(duì)比,構(gòu)象基本一致.因?yàn)镾RY基因HMG-box區(qū)是SRY蛋白重要功能結(jié)構(gòu)域,而SRY蛋白質(zhì)是通過(guò)DNA螺旋小溝內(nèi)的核苷酸作

3、用來(lái)識(shí)別核心靶序列的.該研究發(fā)現(xiàn)林麝與馬麝SRY基因HMG-box區(qū)有3個(gè)有義突變,考慮到林麝與馬麝具有極近的親緣關(guān)系,這點(diǎn)無(wú)疑是值得重視的.從父系遺傳的角度,利用GenBank中收錄的偶蹄目SRY基因,使用MEGA2.1和PAUP4.0軟件,用算術(shù)平均除權(quán)配對(duì)法(UPMGA)、鄰位相接法(NJ)和最大簡(jiǎn)約法(MP)分別構(gòu)建了偶蹄目的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù).探討了麝在偶蹄目中的分類地位,尤其是與鹿科的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系.聚類樹(shù)顯示麝形成一個(gè)單系,支持麝作