三種鮡科魚類線粒體全基因組的測定及鮡科魚類系統(tǒng)發(fā)育分析.pdf

1、扎那紋胸鮡（Glyptothoraxzainaensis）和穴形紋胸鮡（Glyptothorax cavia）隸屬于鲇形目(Siluriformes)、鮡科(Sisoridae)、紋胸鮡屬（Glyptothorax），貢山鮡（Pareuchiloglanis gongshanensis）隸屬于鲇形目（Siluriformes）、鮡科(Sisoridae)、鮡屬（Pareuchiloglanis）。本文通過測定上述三種鮡科魚類線粒體全基因

2、組序列，并聯(lián)合NCBI中下載的11屬12種鮡科魚類線粒體全基因組數(shù)據(jù)，利用Cyt b基因和COX1基因，重建鮡科魚類系統(tǒng)發(fā)育關系，并利用beast軟件估算鮡科魚類分化時間，主要結(jié)果如下:
　　1.扎那紋胸鮡線粒體基因組全長16537bp，穴形紋胸鮡全長16529bp，貢山鮡全長16588bp。三種鮡科魚類基因組成和排列基本相似，都表現(xiàn)為A+T偏倚，扎那紋胸鮡A+T％為57.2％，穴形紋胸鮡為56.8％，貢山鮡為54.8％。三種鮡科

3、魚類線粒體全序列中都有多處基因間隔和重疊。
　　2.三種鮡科魚類線粒體蛋白質(zhì)編碼基因起始和終止密碼子相似，通常以ATG和GTG為起始密碼子。三種鮡科魚類均有TAG、TAA、TA和T4種類型終止密碼子。三種鮡科魚類線粒體基因中RSCU＞1的密碼子數(shù)量均超過30個，且密碼子末端堿基多使用A或T，其頻率高于C、G（尤其是G）。三種鮡科魚類線粒體基因組包括的22個tRNA中除tRNA-Ser的二級結(jié)構(gòu)不能預測出之外，其余的都表現(xiàn)為典型的三

4、葉草結(jié)構(gòu)。它們各自的tRNA基因組中都出現(xiàn)多處錯配，多為U-G錯配，發(fā)生位置多在TψC臂和DHU臂上。
　　3.本研究支持原鮡屬、鰋屬和鑿齒鮡屬是鰋鮡魚類的三個原始類群這一結(jié)論，并提出鑿齒鮡屬是鰋鮡魚類的最原始類群。藏鰋的系統(tǒng)發(fā)育位置一直飽受爭議，本研究認為鰋屬與鑿齒鮡屬構(gòu)成單系群，再和原鮡屬構(gòu)成姐妹群。本研究支持鮡屬并不是單系，而是與石爬鮡屬、擬鰋屬、異齒鰋屬聚在一起構(gòu)成單系群這一結(jié)論。并提出紋胸鮡屬不是單系群，和黑鮡屬聚集后才

5、能構(gòu)成單系群。
　　4.中國鮡科魚類起源于中新世晚期(later Miocene)，約9.87Mya，鰋鮡魚類稍晚，約在8.93Mya。在上新世晚期到更新世（約0.2～4.0Mya之間），大量的屬開始分化，鰋鮡魚類的特化類群，如鮡屬、擬鰋屬、異齒鰋屬和石爬鮡屬在這一時期爆發(fā)式形成并大面積輻射到青藏高原及周邊地區(qū)。非鰋鮡魚類的分化時間主要集中在4.64Mya之后。本研究認為:青藏高原的快速隆升約于3.6Mya開始，3.0Mya達到高