南海及北極海域四株細菌的多相分類研究.pdf

1、本論文以分離自南海和北極海域表層海水樣品的四株細菌作為研究對象，利用多相分類方法，詳細研究了這四株細菌的表型，細胞化學組成及分子遺傳學等方面的分類特征，最終基于分類特征分析分別確定了它們的分類地位。
　　1.菌株SM1501T的多相分類研究
　　菌株SM1501T分離自南海表層海水樣品。菌株SM1501T的革蘭氏染色反應(yīng)為陰性，其細胞為短桿狀，無鞭毛，好氧。該菌株生長的溫度范圍為7-42℃，生長的NaC1濃度范圍是0-11％

2、(w/v)。菌株SM1501T的主要脂肪酸是C17∶1ω6c，C15∶02-OH，C17∶1ω8c和C18∶1ω7c。該菌的極性脂包括磷脂酰乙醇胺(phosphatidylethanolamine，PE)，磷脂酰甘油(phosphatidylglycerol，PG)，鞘糖脂(sphingoglycolipid，SGL)，雙磷脂酰甘油(diphosphatidylglycerol，DPG)及磷脂酰膽堿(phosphatidylcholin

3、e，PC)。該菌的主要細胞呼吸醌是泛醌10(ubiquinone-10，Q-10)。菌株SM1501T的細胞基因組DNA G+C含量為66.8mol％。
　　菌株SM1501T與Erythrobacter屬成員的16S rRNA基因序列相似性最高(94.2-97.4％)，基于16S rRNA基因序列的系統(tǒng)進化樹顯示菌株SM1501T與Erythrobacter luteus,Erythrobacter atlanticus,Ery

4、throbacter gangjinensis及Erythrobacter marinus成簇，但形成一個獨立的進化分支。
　　基于以上多相分類學數(shù)據(jù)，菌株SM1501T代表Erythrobacter屬的一個新種，命名為Erythrobacter nanhaiensis sp.nov.，菌株SM1501T(=KCTC42669T=CCTCC AB2015396T)為該新種的模式菌株。
　　2.菌株SM1502T的多相分類研究

5、
　　菌株SM1502T來源于北極海域表層海水樣品。菌株SM1502T革蘭氏陰性菌，細胞為桿狀，無鞭毛。菌株SM1502T生長的溫度范圍為10-40℃C，生長的NaCl濃度范圍為0-8.0％(w/v)。
　　菌株SM1502T的主要脂肪酸為iso-C15∶0，iso-C17∶1ω9c，iso-C17∶03-OH，iso-C15∶1G，C15∶0及unknown ECL13.565;其主要極性脂為磷脂酰乙醇胺(PE)，一種未鑒

6、定結(jié)構(gòu)的氨基磷脂及一種未鑒定結(jié)構(gòu)的極性脂類。菌株SM1502T的主要呼吸醌類為甲基萘醌6(menaquinone6，MK-6)。菌株SM1502T基因組DNA的G+C含量為37.0 mol％。
　　菌株SM1502T與Flavobacterium suzhouense的16S rRNA基因序列相似性最高(96.0％);在基于16S rRNA基因序列的系統(tǒng)進化樹中，菌株SM1502T和Flavobacterium屬內(nèi)包括Flavob

7、acterium suzhouense在內(nèi)的六個已知種成簇，同時形成單獨的簇內(nèi)分支。
　　以上多相分類數(shù)據(jù)表明，菌株SM1502T代表Flavobacterium屬內(nèi)的一個新種，命名為Flavobacterium arcticum sp.nov.，菌株SM1502T(=KCTC42668T=CCTCC AB2015346T)為該種的模式菌株。
　　3.菌株SM1503T的多相分類研究
　　菌株SM1503T分離自南海表

8、層海水樣品，為革蘭氏陰性菌，其觸酶及氧化酶為陽性。菌株SM1503T生長溫度范圍在8-45℃之間，生長的NaCl濃度范圍是0-7.5％(w/v)。菌株SM1503T可以還原硝酸鹽為亞硝酸鹽，可水解Tween20、40及60。
　　菌株SM1503T的主要脂肪酸包含C17:1ω6c，C17∶0，C15∶0，C18∶1ω7c，C17∶1ω8c以及C16∶0;主要極性脂為磷脂酰乙醇胺(phosphatidylethanolamine，P

9、E)，磷脂酰甘油(phosphatidylglycerol，PG)，雙磷脂酰甘油(diphosphatidylglycerol，DPG)，鞘糖脂(sphingoglycolipid, SGL)和磷脂酰膽堿(phosphatidylcholine，PC)。該菌主要呼吸醌為泛醌10(ubiquinone-10，Q-10)，其基因組DNA的G+C含量為61.6 mol％。
　　16S rRNA基因序列比對分析表明菌株SM1503T與Sp

10、hingomonadaceae科內(nèi)Blastomonas及Parablastomonas屬已知種有最高的序列相似性(95.2-95.8％)，根據(jù)16S rRNA基因序列構(gòu)建的系統(tǒng)進化樹顯示菌株SM1503T在Blastomona及Parablastomonas進化分支的根部形成一個獨立的進化分枝。
　　上述多相分類數(shù)據(jù)表明，菌株SM1503T應(yīng)屬于Sphingomonadaceae科內(nèi)的一個新屬，命名為Pseudoblastomo

11、nas gen.nov.，而菌株SM1503T代表該屬內(nèi)的一個新種，命名為Pseudoblastomonas maris gen.nov.，sp.nov.，菌株SM1503T(=KCTC42715T=CCTCC AB2015347T)是該新種的模式菌株。
　　4.菌株SM1504T的多相分類研究
　　菌株SM1504T來源于北極海域表層海水樣品。菌株SM1504T革蘭氏陰性菌，嚴格好氧，無運動性。菌株SM1504T生長的溫度

12、范圍為4-30℃，生長的NaCl濃度范圍為0-4.0％(w/v)。菌株SM1504T可水解七葉苷和明膠，但不能還原硝酸鹽為亞硝酸鹽。
　　菌株SM1504T的主要脂肪酸為summed feature3(包含C16∶1ω7c和/或iso-C15∶02-OH)和iso-C15∶0;菌株SM1504T的極性脂為磷脂酰乙醇胺(PE)和一種未鑒定的極性脂類。菌株SM1504T的主要呼吸醌類為甲基萘醌7(menaquinone7，MK-7)。

13、菌株SM1504T基因組DNA G+C含量為40.8 mol％。
　　基于16S rRNA基因序列的系統(tǒng)進化樹顯示菌株SM1504T在Cytophagaceae科內(nèi)與Lacihabitans，Emticicia，F(xiàn)luviimonas及Leadbetterella屬成員緊密成簇，但形成獨立的簇內(nèi)分枝，而該菌株與這些屬成員的16S rRNA基因序列相似性非常低(88.9-91.6％)。
　　基于上述多相分類數(shù)據(jù)分析，菌株SM1