基于功能網(wǎng)絡(luò)的microRNA與疾病關(guān)聯(lián)預(yù)測方法研究.pdf

1、本文主要研究疾病與miRNA的關(guān)聯(lián)預(yù)測。為了讓生物學(xué)家提高發(fā)現(xiàn)疾病與miRNA更新的關(guān)聯(lián)，我們對miRNA功能相似性計(jì)算、相似性的并行計(jì)算、人類疾病關(guān)聯(lián)miRNA預(yù)測等問題進(jìn)行了深入的研究，提高了對任意給定疾病的可能miRNA候選的預(yù)測準(zhǔn)確性。主要包括以下三方面的內(nèi)容:
　　(1)研究了疾病術(shù)語語義相似性、miRNA功能相似性的并行計(jì)算方法。目前的疾病術(shù)語語義相似性、miRNA功能相似性計(jì)算方法耗時(shí)較長。我們在研究新的相似性計(jì)算方

2、法時(shí)，在每次改變計(jì)算策略后，需要較長時(shí)間等待實(shí)驗(yàn)結(jié)果。為了加快相似性的計(jì)算，本文提出了基于MapReduce的疾病術(shù)語相似性、miRNA功能相似性的并行計(jì)算方法。對比串行算法，我們將相似性計(jì)算時(shí)間降低到可接受的范圍內(nèi)，并且單個(gè)節(jié)點(diǎn)運(yùn)行該算法也有一定的加速效果。
　　(2)研究了miRNA功能相似性的計(jì)算方法。本文提出了一種基于分組比較的miRNA功能相似性計(jì)算方法。通過去除同組內(nèi)部的疾病術(shù)語間的重疊信息，使用比較兩組疾病術(shù)語的信息

3、含量的方法來計(jì)算miRNA間的功能相似性。與現(xiàn)有的方法比，本文的方法計(jì)算出的同家族及同分簇的miRNA間功能相似性具有更高相似性的特點(diǎn)，符合生物前提。本文提出的miRNA功能相似性計(jì)算方法在3種疾病miRNA關(guān)聯(lián)預(yù)測方法上均表現(xiàn)出比其他miRNA功能相似性方法更高的預(yù)測性能。
　　(3)研究了疾病miNRA關(guān)聯(lián)預(yù)測方法。本文利用每個(gè)miRNA作為起點(diǎn)，在使用miRNA功能相似性構(gòu)建的miRNA功能網(wǎng)絡(luò)上獨(dú)立進(jìn)行有重啟的隨機(jī)游走，根