[技術規(guī)程] 細菌分類鑒定規(guī)程（精編）

1、細菌分類鑒定規(guī)程細菌分類鑒定規(guī)程 細菌分類鑒定規(guī)程杜艷、余翔、羅國升新菌鑒定主要流程： 新菌鑒定主要流程：1、 潛在新菌的確定 潛在新菌的確定拿到拼接好的 16Sr RNA gene 序列后，進入NCBI blastN (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)或EzTaxon server 2.1 (http://147.47.212.35:8080/) 進行比較，同源性低于 98%的序列(同源性處于 98-97%之

2、間的序列最好少于 3 株)，可初步判斷存在新菌的 可能。2、 選擇標準菌株構建進化樹 選擇標準菌株構建進化樹選擇參考菌株構建三種進化樹 (NJ、MP 和 ML)，構建進化樹是需要注意以下幾點：1）所選擇的序列必須都是在 IJSEM 上正式發(fā)表的序列，2）所選擇的參考菌株必須包含新菌所在屬的所有標準菌株，3）需要選擇新菌所在科的一些與新種所在屬相近的屬的 type species 作為參考菌株，4）需要選擇一個遠源的菌株作為參考菌株，如：

3、E. coli。3、 購買標準菌株 購買標準菌株根據(jù)進化樹位置和同源性高低選擇標準菌株作為參考菌株，聯(lián)系相關保藏機構購買標準菌株。具體信息可以在 http://www.bacterio.cict.fr/ 上查找。標準菌株的選擇需遵循以下幾點：1) 如果要用到不同的屬但不是用這些屬的所有的種，則要選擇這些屬的模式種，并且要選擇模式種的模式菌株。2) 一個屬的模式種是最重要的參照微生物，如果一個新種被認為屬于這個屬，就一定要與該屬的模式種進

4、行比較，而其他的種可能分類時出現(xiàn)錯誤，可能將來會對滲透壓的適應性：對鹽濃度的耐受性或嗜鹽性；對抗生素及抑菌劑的敏感性：對抗生素、氰化鉀(鈉)、膽汁、弧菌抑制劑或某些染料的敏感性；代謝產(chǎn)物：各種特征性代謝產(chǎn)物；與宿主的關系：共生、寄生、致病性等。6、 化學分類特征 化學分類特征目前經(jīng)常使用的特異性細胞化學特性包括：細胞壁化學組分、枝菌酸、脂肪酸、磷酸類脂、甲基萘醌、全細胞蛋白及核糖體蛋白電泳分析等。其分析技術涉及光譜、色譜、生物化學及分子

5、遺傳學的分析技術。常用的化學分類指標 常用的化學分類指標鑒定指標 鑒定指標 方 法 舉 例細胞壁的化學成分 薄板層析 真細菌含壁酸和肽聚糖；古菌類型變化，無壁酸枝菌酸 薄層層析，氣質(zhì)聯(lián)用 諾卡氏菌形放線菌磷酸類脂 硅膠薄板層析 放線菌等脂肪酸組分 毛細管氣相色譜 芽胞桿菌等全細胞蛋白 SDS 一聚丙烯酞胺凝膠電泳 根瘤菌核糖體蛋白 雙向凝膠電泳 放線菌同工酶 多位點酶電泳 熱帶根瘤菌1) 細胞壁組分分析：細胞壁氨基酸組分可用于屬

6、的區(qū)分，而糖組分則可用于種的區(qū)分。2) 脂肪酸組分分析脂類是細胞膜的主要組分。在原核生物中，細菌具有酰基脂(酯鍵連接)， 最常見的是磷脂和甘油脂。在某些放線菌和棒桿菌中有特異的磷脂，即磷脂酸肌醇甘露糖苷。鞘磷脂則發(fā)現(xiàn)于某些革蘭氏陰性菌，如擬桿菌。古菌具有醚脂 (醚鍵連接)。某些特殊組分只在特定的細菌中存在，如多不飽和脂肪酸是藍細菌的特征組分，甲基化的分枝脂肪酸為革蘭氏陽性菌所特有，羥基化脂肪酸為 革蘭氏陰性菌的特征。3) 異戊二烯醌型分