pubmed2013教程

1、認(rèn)識(shí)PubMed ——讓它融入您的科研,學(xué)科館員：周成效,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,主要內(nèi)容,一、 認(rèn)識(shí)PubMed二、 PubMed 檢索入門三、PubMed高級檢索四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索五、PubMed其他功能六、PubMed個(gè)性化服務(wù),認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,,,,Web of Science,您的選擇？,,,,Google Scholar,,,PubMed,

2、Scopus,,,Scirus,一、認(rèn)識(shí)PubMed,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/,一、認(rèn)識(shí)PubMed,,PubMed與NCBI數(shù)據(jù)庫的關(guān)系圖,一、認(rèn)識(shí)PubMed,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,標(biāo)引質(zhì)量高,更新速度快,信息量大,使用方便,,選擇PubMed的n個(gè)理由,,,一、認(rèn)識(shí)PubMed,,認(rèn)識(shí)Pub

3、Med——讓它融入您的科研,Medline,OldMedline,In  Process  Citations,Record supplied by publisher,一、認(rèn)識(shí)PubMed,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,一、認(rèn)識(shí)PubMed,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,檢索提問區(qū),文獻(xiàn)匹配,臨床咨詢,特定主題咨詢,期刊

4、檢索,主題檢索,高級檢索,一、認(rèn)識(shí)PubMed,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,2.1 單著者檢索,2.1.1 鍵入著者姓氏全稱和名字的首字母全寫或縮寫 如: Alving c Fauci as koltilil s Gene[au] Wong julia s

5、 Ryan, james2.1.2 利用高級檢索中的“Author”檢索, 選下拉選項(xiàng)定位,二、PubMed檢索入門,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,2.3.1直接輸入您所要檢索的關(guān)鍵詞或主題詞, 英文單詞或短語（大寫或小寫均可）, 詞匯自動(dòng)轉(zhuǎn)換功能進(jìn)行檢索，并將檢索結(jié)果直接顯示在主頁下方。 如: sleep walking cause,2.2 著者與主題聯(lián)合檢索,2.2.1 直接輸入作者姓名與主題

6、詞, 不用AND 如: dodick dw migraine,2.3 單主題檢索,二、PubMed檢索入門,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,2.4 期刊檢索,2.4.1 輸入期刊名，ISSN，Medline jounal title abbreviation 如: molecular biology of the cell cell[ta]

7、 1087-0156 2.4.2 用single citation matcher中的期刊名稱檢索2.4.3 用journal database檢索,二、PubMed檢索入門,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,2.5 日期或日期范圍檢索2.5.1 日期的錄入格式為YYYY/MM/DD,2.6 檢索期刊子集（輯）2.6.1 檢索詞AND jsubset 數(shù)據(jù)庫首字母?？晒z索的期刊子庫有3種，分別使用進(jìn)行限定。

8、 Abridged Index Medicus(有120種重要核心醫(yī)學(xué)期刊) Dental Nursing   如：neoplasms AND jsubseta,二、PubMed檢索入門,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,2.7 檢索帶文摘的記錄,2.7.1 檢索詞AND has abstract, 要注意的是在1975年前出版的文章，其MEDLINE記

9、錄中沒有文摘 如: liver cancer AND has abstract,,二、PubMed檢索入門,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,2.8.1 布爾邏輯運(yùn)算符(AND, OR, NOT) 如：Oncology AND (treatment OR research )2.8.2 截詞符( * ) 如: bacter*2.8.3 詞組檢索 ( “ ”) 如:

10、 “Single cell”2.8.4 通配符( ? ) 如: “en?oblast”,2.8 組配/截詞/短語檢索,二、PubMed檢索入門,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,2.9 PubMed檢索字段標(biāo)識(shí),二、PubMed檢索入門,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,2.10 PubMed檢索結(jié)果顯示及處理,二、PubMed檢索入門,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,二、PubMed檢索入

11、門,,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,2.11 PubMed基本檢索舉例,Clinical cancer research 2009diabete AND jsubsetn“embryonic stem cell*”"swine flu*" OR "swine influ*" OR H1N1 OR SIV,二、PubMed檢索入門,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,1．明確

12、所要檢索的內(nèi)容。 先分析這一問題中的關(guān)鍵詞語，主要由"維生素C"，和"普通感冒"構(gòu)成。即"VITAMIN C"和"COMMON COLD"。 2．分析所要檢索的兩個(gè)相關(guān)詞語的關(guān)系。 根據(jù)我們的日常生活經(jīng)驗(yàn)，可以將兩個(gè)關(guān)鍵詞之間的關(guān)系定義為“AND”, 在檢索框內(nèi)鍵入“VITAMIN C” AND COMMON COLD,2.12

13、 PubMed基本檢索演示,檢索課題一 維生素C對于普通感冒的防治作用,二、PubMed檢索入門,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,檢索課題二 檢索2000-2005年以后有關(guān)Crohn病藥物治療研究的文獻(xiàn),Crohn Disease[mh]AND drug therapy [sh] AND 2000：2005 [edat],二、PubMed檢索入門,2.12 PubMed基本檢索演示,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的

14、科研,君欲善其事必先利其器,三、PubMed高級檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,檢索事半功倍,檢索框,三、PubMed高級檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,,明確你所要檢索的關(guān)鍵概念及詞語，即關(guān)鍵字考慮到關(guān)鍵字的類似說法，即有可能出現(xiàn)的同義詞,檢索要訣,通過限定等，精煉你的檢索范圍通過布爾（BOOLEAN）運(yùn)算來提高你的效率多向有經(jīng)驗(yàn)的人求教,,,,,PubMed,三、PubMed高級檢索,,

15、認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,3.1 Filter在這里可以進(jìn)行以下設(shè)定：     ? 將搜索范圍設(shè)定在一個(gè)特定的域。    ? 將搜索范圍設(shè)定在特定的年齡組、性別組、人類或動(dòng)物學(xué)范圍。    ? 也可以將搜索限定在某一語種出版的或某一特定的文章類型,如綜述

16、 ? 設(shè)定只搜索包含摘要的文獻(xiàn)。    ? 設(shè)定搜索Entrez數(shù)據(jù)庫或Publication數(shù)據(jù)庫。    ? 設(shè)定搜索范圍為PubMed數(shù)據(jù)庫的某一子數(shù)據(jù)庫（如Abridged Index Medicus 或AIDS相關(guān)的條目）。 ……需要注意的是：限制了出版物類型、年齡、人或動(dòng)物、性別中的任何一項(xiàng)，檢索將只在

17、Medline中進(jìn)行檢索（因?yàn)檫@些特征限制只有Medline中才有）。,三、PubMed高級檢索,,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,人或動(dòng)物實(shí)驗(yàn)選擇,性別選擇,語種選擇,期刊分類選擇： 核心臨床醫(yī)學(xué)牙科期刊護(hù)理期刊 Medline期刊,年齡選擇,出版物類型選擇,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,看到最近100次的查詢結(jié)果。如果兩次查詢內(nèi)容相同，PubMed會(huì)將頭一

18、次的去除。當(dāng)點(diǎn)擊 Clear History可以將History中的所有內(nèi)容清除,3.2 History,三、PubMed高級檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,3.3 Clipboard 貼板可以幫助你保存或查看在一個(gè)或多個(gè)查詢中選擇的條目?？梢源蛴?、保存、訂購剪貼板中的內(nèi)容。條目復(fù)選框選中，單擊“send to clipboard”就可以將其加入剪貼板中。剪貼板中最大的儲(chǔ)存數(shù)是500條。剪貼板中的內(nèi)

19、容在8小時(shí)內(nèi)沒有任何操作，將會(huì)自動(dòng)消失。,三、PubMed高級檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,3.4 Details 即在提問框中鍵入的檢索詞被PubMed自動(dòng)地轉(zhuǎn)換成了哪些詞，并使用了什么樣的檢索規(guī)則和檢索語法。,三、PubMed高級檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,Result區(qū)顯示檢索結(jié)果的記錄總數(shù)，點(diǎn)擊這個(gè)數(shù)字，可回到檢索結(jié)果顯示屏,Translation區(qū)顯示檢索詞轉(zhuǎn)換的詳細(xì)情況,Databas

20、e區(qū)顯示檢索的數(shù)據(jù)庫,User Query 區(qū)顯示用戶鍵入的檢索詞或檢索式,對檢索策略進(jìn)行編輯,三、PubMed高級檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,文獻(xiàn)太多，如何保證查全和查準(zhǔn)？,四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索,,何為MeSH？MeSH是Medical Subject Headings的縮略詞，即醫(yī)學(xué)主題詞，是用規(guī)范化的醫(yī)學(xué)術(shù)語來描述生物醫(yī)學(xué)概念。論述文獻(xiàn)中心的主題詞稱主要主題詞論述主題某一方面的內(nèi)容的詞稱為副

21、主題詞,Mesh詞表幫助您！,4.1 MeSH Database的運(yùn)用,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,詞義解釋,四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,副主題詞,四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索,,,,四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索,,,,

22、主題詞的邏輯匹配檢索,四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,檢出結(jié)果限定在主要主題詞可提高查準(zhǔn)率,,,限制擴(kuò)展檢索，只需檢索單個(gè)主題詞,四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,,在 MeSH Database 中查找關(guān)鍵詞 ?如何聯(lián)合檢索兩個(gè) MeSH Terms ?,如何在 MeSH Database 中利用副主題檢索 ?,4.2 MeSH檢索實(shí)例演示,四、P

23、ubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,4.2 MeSH檢索實(shí)例演示,四、PubMed醫(yī)學(xué)主題詞表檢索,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,五、PubMed其他功能,實(shí)現(xiàn)單篇文章的一對一檢索,實(shí)現(xiàn)多篇文章的一次性檢索,一次最多可檢索PubMed中100條文獻(xiàn)紀(jì)錄, 獲得文獻(xiàn)的PMID,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,選擇相應(yīng)類別,選擇檢索范圍,檢索結(jié)果更加貼近臨床的需要,五、PubMed其他功能

24、,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,限定于各類不同的醫(yī)學(xué)臨床主題進(jìn)行檢索,五、PubMed其他功能,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,,實(shí)現(xiàn)PubMed與核酸和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫、基因組數(shù)據(jù)庫、分類學(xué)數(shù)據(jù)、圖書等數(shù)據(jù)庫之間的多向鏈接,多向查詢,五、PubMed其他功能,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,與PubMed建立聯(lián)系的網(wǎng)站，如某篇文獻(xiàn)所對應(yīng)期刊的出版商，文獻(xiàn)全文、相關(guān)數(shù)據(jù)庫及網(wǎng)站等。,五、PubMed其他功能

25、,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,五、PubMed其他功能,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,eUtils(Entrez Programming Utilities) 通過eUtils 這個(gè)程序設(shè)計(jì)模塊, 可以通過我們自己設(shè)計(jì)的應(yīng)用程序平臺(tái), 獲取NCBI 數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù), 從而實(shí)現(xiàn)這些數(shù)據(jù)資源的深度開發(fā)使用。實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化的大批量的從Entrez數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)。并且提供了幾種常用的語言以供選擇，像Perl, Python,

26、 Java, 和 C++等。,五、PubMed其他功能,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,免費(fèi)期刊的獲取,PubMed提供了免費(fèi)全文期刊網(wǎng)址 Pubmed Central http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/向作者索要作者主頁,五、PubMed其他功能,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,六、PubMed的個(gè)性化服務(wù),,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研

27、,保存檢索式(生成URL或HTML實(shí)現(xiàn)共享),檢索結(jié)果的分類過濾,特定功能的參數(shù)設(shè)置,六、PubMed的個(gè)性化服務(wù),,書目管理設(shè)置,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,,經(jīng)由2000多位專家學(xué)者的評價(jià)推薦，提供目前世界上最重要的生物學(xué)論文資訊及研究趨勢。特色是收錄每篇具有科學(xué)價(jià)值的文獻(xiàn)，而不考慮這些文獻(xiàn)在哪在些期刊里發(fā)表,PubMed里檢索出最核心的文獻(xiàn)——Faculty of 1000與pubmed的完美結(jié)合,,六、PubMed的

28、個(gè)性化服務(wù),,,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,PubMed快速檢索功能的實(shí)現(xiàn),,NCBI Search Toolkit,,,,,,,安裝NCBI Search Toolkit劃詞右擊直接進(jìn)行pubmed檢索,六、PubMed的個(gè)性化服務(wù),,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,PubMed其實(shí)還有更加豐富多彩的內(nèi)容等著你去挖掘,http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/,查閱各種健康疾病相關(guān)的主題，

29、醫(yī)藥信息。還有一部非常完善的在線醫(yī)學(xué)詞典。此外，你還可以瀏覽到很多有用的健康新聞。,六、PubMed的個(gè)性化服務(wù),,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,http://www.gopubmed.org,GoPubMed是德國Transinsight公司和德國德累斯頓大學(xué)合作，利用生物信息學(xué)相關(guān)知識(shí)開發(fā)的一個(gè)可以對PubMed檢索結(jié)果進(jìn)行探索、分析的工具。,六、PubMed的個(gè)性化服務(wù),,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,四個(gè)“W”,

30、,,分析功能,六、PubMed的個(gè)性化服務(wù),,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,時(shí)間分析,國家分析,六、PubMed的個(gè)性化服務(wù),,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,城市分析,刊物分析,六、PubMed的個(gè)性化服務(wù),,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,作者分析,主題分析,六、PubMed的個(gè)性化服務(wù),,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,研究態(tài)勢,地區(qū)分布圖,六、PubMed的個(gè)性化服務(wù),,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的

31、科研,研究人員關(guān)系網(wǎng),線條越多，線形越多，地位越重要,六、PubMed的個(gè)性化服務(wù),,認(rèn)識(shí)PubMed——讓它融入您的科研,,,Add Your Title,舌根腫瘤的病理學(xué),阿司匹林治療心肌梗死,實(shí)戰(zhàn)二,實(shí)戰(zhàn)三,實(shí)戰(zhàn)一,附：PubMed檢索實(shí)戰(zhàn)操作,Asthma drug therapy,Tonguetongue basebase of the tongueneoplasms pathology,Aspirintherap