2023年全國碩士研究生考試考研英語一試題真題(含答案詳解+作文范文)_第1頁
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1、馬鈴薯黑脛?。≒ectobacterium atroseptica,Pa)是影響馬鈴薯種植生產(chǎn)中重要的種薯傳播的細菌性病害。近些年,我國馬鈴薯生產(chǎn)中嚴重影響馬鈴薯產(chǎn)量和種薯質(zhì)量。隨著高通量測序的普及和基因組學的快速發(fā)展,越來越多的植物病原細菌被測序。對馬鈴薯黑脛病菌基因組的測序,并通過生物信息學可以從基因組水平分析致病及相關基因的特征,為植物病原細菌的研究提供更多有價值的候選基因,為系統(tǒng)研究該菌的致病機理和病菌演化提供基礎性數(shù)據(jù)。

2、>  在形態(tài)學、分子鑒定基礎上選擇了1株代表性馬鈴薯黑脛病菌菌株JG10-08,利用Illumina Hiseq2000測序平臺,進行基因組序列測序、拼接、序列校正和補洞,最終獲得該菌的基因組序列的精細圖譜(GenBank登錄號CP007744)。該菌株基因組無質(zhì)粒、由一條雙鏈環(huán)狀DNA分子構成,染色體的長度為5.00Mb,G+C含量為51.15%,。運用RAST分析軟件注釋了基因組中各個基因的功能,共預測出4672個基因編碼區(qū)(CDS

3、),CDS占全基因組序列總長的86.1%,CDS的平均堿基長度是941.9bp。調(diào)用tRNAscan-SE程序,對基因組序列進行掃描,發(fā)現(xiàn)并注釋的tRNA有76個,獲得39個rRNA基因分布在7套操縱子區(qū)域,5個轉座基因和一個相似于葡萄球菌PHI-Mu50B原噬菌體的完整序列。在COG數(shù)據(jù)庫預測出了4252個基因功能。其中,染色質(zhì)結構和動力相關的基因最少,只有1個;與能量產(chǎn)生和轉換有關的基因241個;參與轉運和代謝的基因最多,高達159

4、9個;與染色體相關涉及到復制、重組、修復、轉運、修飾等相關基因共有885個;參與生物合成、運輸、運動、信號轉導以及防御機制的基因共713個,還有813個基因功能只是預測或著功能未知。
  在菌株JG10-08的基因組中共預測出168個編碼致病及相關功能的基因,包括121個分泌系統(tǒng)的編碼基因,25個果膠降解酶的編碼基因和22個毒素基因。在25個調(diào)控細胞壁降解酶合成的基因中包含22個果膠裂解酶、2個纖維素酶和1個蛋白酶。22個毒素基因

5、中有9個特有基因,即YafW、YefM、YkfI、YoeB、RelE、RelB、StbD、StbE和Phd。菌株JG10-08基因組中存在著6種與致病性相關的分泌系統(tǒng)基因。
  對馬鈴薯黑脛病所屬的果膠桿菌屬進行系統(tǒng)發(fā)育分析,明確了果膠桿菌屬中已測定基因組的3個種(P.atrosepticum、P.wasabiae和P.carotovorum)的系統(tǒng)演化關系,結果顯示:引起馬鈴薯黑脛病的P.atrosepticum與引起山葵軟腐病

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