白菜染色體特異性SSR分子標(biāo)記的開發(fā).pdf

1、本研究以國際蕓薹屬基因組計劃（MBGP）已公布的509條白菜BAC的DNA序列為研究對象，搜索其中的SSR位點，開發(fā)了SSR分子標(biāo)記，并以No．2127-17和ZY821的88個DH株系為作圖群體，利用所開發(fā)的SSR標(biāo)記構(gòu)建了甘藍型油菜油菜遺傳連鎖圖，并將該圖譜與白菜標(biāo)準(zhǔn)圖譜進行了比較分析。主要結(jié)果如下：
　　 1．對509條白菜“種子”BAC的DNA序列進行SSR位點搜索，共檢出29，671個SSR。在509個白菜BAC中，單

2、個BAC中搜索出的SSR數(shù)目在7-134之間。長度大于或等于20 bp的Ⅰ類SSR占13.2％，平均每15.5 kb有一個Ⅰ類SSR。長度在12 bp-20 bp之間的Ⅱ類SSR占86.8％，平均每2.4 kb有一個Ⅱ類SSR。這些SSR包括一至五核苷酸重復(fù)類型，其中，一至三核苷酸重復(fù)類型的SSR數(shù)目最多。單核苷酸重復(fù)中，（A）n的出現(xiàn)頻率遠大于（G）n。4種二核苷酸重復(fù)基元中，（AT）n出現(xiàn)頻率最高，其次是（AG）n，（AC）n和（C

3、G）n出現(xiàn)頻率很低。在10種三核苷酸重復(fù)基元中，（AAG）n出現(xiàn)頻率最高。四、五核苷酸重復(fù)基元種類多，分布散，出現(xiàn)頻率均較低，其中（AAAN）n和（AAAAN）n出現(xiàn)頻率顯著高于其他重復(fù)基元。
　　 2．在開發(fā)SSR標(biāo)記時，為均勻覆蓋白菜基因組，每個BAC只開發(fā)1-2個SSR標(biāo)記，總共開發(fā)了788個SSR標(biāo)記，命名為“BrGMS”。其中，二核苷酸重復(fù)類型數(shù)目最多，其次是三核苷酸重復(fù)類型。用6個甘藍型油菜品種檢測了788對BrGM

4、S引物的擴增效率和多態(tài)性。其中有692對引物可以在兩個以上的親本中成功擴增，有357對引物在至少2個親本間表現(xiàn)出多態(tài)性。四核苷酸重復(fù)類型SSR引物的擴增效率和多態(tài)性比例均為最高。不同重復(fù)基元SSR引物的擴增效率和多態(tài)性差異較大。二核苷酸重復(fù)基元中，（AC）n重復(fù)的擴增效率最高，（AG）n的多態(tài)性最高。三核苷酸重復(fù)基元中，擴增效率較高的是（AGG）n、（ATG）n和（AAG）n，GC含量豐富的重復(fù)基元擴增效率較低，但其多態(tài)性較高。

5、　　 3．用150對在No．2127-17和ZY821間有多態(tài)性的BrGMS引物分析DH群體基因型，共檢測到115個可統(tǒng)計的標(biāo)記位點，另外用已發(fā)表的222對SSR引物在DH群體中檢測到了294個標(biāo)記位點。應(yīng)用JoinMap3.0軟件對這409個位點進行連鎖分析，構(gòu)建了一張包含19個連鎖群、共329個位點（265個標(biāo)記）的甘藍型油萊遺傳圖，連鎖圖總長1731.6 cM，標(biāo)記間平均圖距為5.3 cM，不同連鎖群長度變動范圍在45.4 cM

6、-187.5 cM之間，各連鎖群上標(biāo)記位點數(shù)介于5-39之間。
　　 4．在定位的105個BrGMS標(biāo)記位點，有85個位點分布在甘藍型油菜的A基因組中，20個定位在C基因組中。根據(jù)BAC物理圖可以推斷出80個BrGMS標(biāo)記所在染色體，其中大部分BrGMS標(biāo)記定位在其BAC克隆來源的染色體上。將此連鎖圖與MBGP公布的白菜標(biāo)準(zhǔn)圖譜進行了比較，A1-A10連鎖群與白菜的A01-A10具有很好的同線性關(guān)系，A1-A10連鎖群上大多數(shù)B